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07 2020 档案

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分
摘要：ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据，这里以 plink 格式的文件为例。 筛选SNP SNP 数量太多，计算会非常 阅读全文
posted @ 2020-07-26 23:04 实验盒 阅读(5034) 评论(0) 推荐(0)
使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号
摘要：EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 和 XP-EHH（Cross Population Extended Haplotype Homozogysity）是常用的基于 haplotype 分析基因组受 阅读全文
posted @ 2020-07-19 18:11 实验盒 阅读(2635) 评论(0) 推荐(0)
预算有限怎么办？来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南
摘要：做生信分析的人越来越多，但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西，但它的成本优势更多体现在大数据处理上，每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时，云计算才会比自建维护机房要划算得多。如果处理的数据不大，自己组装个服务器要划算得多。 之前在《年轻人的第一台服务器：最低不到五千，捡 阅读全文
posted @ 2020-07-11 19:05 实验盒 阅读(3610) 评论(0) 推荐(0)
FINEMAP：使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位（Fine-mapping）
摘要：介绍 全基因组关联分析（GWAS）是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下，GWAS 发现的最显著的 SNP（top SNP 或者 index SNP）并不是真正造成影响的causal SNP（因果SNP），而是因为跟 causal SNP 之间存在的 LD 而变得显著。因而，后续还需 阅读全文
posted @ 2020-07-09 09:51 实验盒 阅读(7999) 评论(0) 推荐(0)
CAUSALdb：涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库
摘要：现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果，可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多，不过有时可能满足不了需要。这里，推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb（http://mulinlab.tmu.edu.cn/causa 阅读全文
posted @ 2020-07-07 16:56 实验盒 阅读(820) 评论(0) 推荐(0)
嫌Python太慢但又不想学C/C++？来了解下JIT技术
摘要：什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言，既可以写后端，也可以做数据分析，既可以智能化运维，也可以搞渗透，既可以写爬虫，又可以做机器学习深度学习。然而，Python 的缺点也很明显，它的速度有点慢。 我们从官方网站下载到的版本，默认是采用了 CPython 解释器，它也是用得最广的解释器。以 阅读全文
posted @ 2020-07-05 15:45 实验盒 阅读(1498) 评论(0) 推荐(0)