随笔分类 -  计算生物

[计算化学]分子动力学笔记
摘要：本文为某计算机本科生的分子动力学学习笔记，在gpt4的辅助下，非体系化地整理相关生物、化学、统计力学知识。所有生成内容经过检查和调整，均直接代表本人观点。有科学性错误的话欢迎指教。 什么是分子动力学 定义： 分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依 阅读全文
posted @ 2024-03-22 21:10 溡沭 阅读(419) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[论文精读][基于点云的蛋白-配体亲和力]A Point Cloud-Based Deep Learning Strategy for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction
摘要：我需要的信息 代码，论文 不考虑共价键，每个点包括了六种原子信息，包括xyz坐标，范德华半径，原子重量以及来源（1是蛋白质，-1是配体）。原子坐标被标准化，其它参数也被标准化。对不足1024个原子的的复合体，补0到1024。 增加考虑的原子从1024到2048，没有提升，增加原子信息通道，没有提升（ 阅读全文
posted @ 2023-10-13 10:44 溡沭 阅读(138) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[源码梳理][机器学习]PointMAE项目源码梳理和修改思路
摘要：Point_MAE项目源码中类的功能梳理。笔者要对它大刀阔斧，但发现自己作为调包侠，对torch的底层很多细节不熟悉，所以细细梳理一下这个项目。 [链接](https://github.com/Pang-Yatian/Point-MAE) ### Encoder * 输入点云（这里为patch），返 阅读全文
posted @ 2023-08-15 15:41 溡沭 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[论文精读][计算生物][蛋白质预训练表示]Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein Structure Decoy
摘要：笔者正在调研市面上的蛋白表示方法，论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St 阅读全文
posted @ 2023-08-14 00:45 溡沭 阅读(197) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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