随笔分类 -  计算生物

摘要:本文为某计算机本科生的分子动力学学习笔记,在gpt4的辅助下,非体系化地整理相关生物、化学、统计力学知识。所有生成内容经过检查和调整,均直接代表本人观点。有科学性错误的话欢迎指教。 什么是分子动力学 定义: 分子动力学是一门结合物理,数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依 阅读全文
posted @ 2024-03-22 21:10 溡沭 阅读(420) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:我需要的信息 代码,论文 不考虑共价键,每个点包括了六种原子信息,包括xyz坐标,范德华半径,原子重量以及来源(1是蛋白质,-1是配体)。原子坐标被标准化,其它参数也被标准化。对不足1024个原子的的复合体,补0到1024。 增加考虑的原子从1024到2048,没有提升,增加原子信息通道,没有提升( 阅读全文
posted @ 2023-10-13 10:44 溡沭 阅读(139) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Point_MAE项目源码中类的功能梳理。笔者要对它大刀阔斧,但发现自己作为调包侠,对torch的底层很多细节不熟悉,所以细细梳理一下这个项目。 [链接](https://github.com/Pang-Yatian/Point-MAE) ### Encoder * 输入点云(这里为patch),返 阅读全文
posted @ 2023-08-15 15:41 溡沭 阅读(370) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:笔者正在调研市面上的蛋白表示方法,论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St 阅读全文
posted @ 2023-08-14 00:45 溡沭 阅读(198) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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