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2024Fall项目信息收集
摘要: ## 内地 ### 香港中文大学深圳 offered #### 计算机科学博士 * 2023年招生开始日期:2022年9月1日 * 2023年招生截止日期:2023年5月30日(名额有限,滚动录取,录满截止) * 托福: 550 (笔试) / 79 (机考); * 无研究型硕士60-84个月 ![]
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posted @ 2023-02-28 00:18 溡沭
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摘要: 队友张老师[nomad](https://www.cnblogs.com/manuscript-of-nomad/) 咸鱼队友锦芊[Notorin](https://blog.csdn.net/Notorin?spm=1008.2028.3001.5343) 群友大伟[WenDavid](https
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posted @ 2022-04-30 20:16 溡沭
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2025年4月17日
简洁镜像制作与使用
摘要: 在算力平台中,会将环境(镜像),数据,算力(GPU结点)分离。我们通常将Cuda、Conda环境装在镜像中,这样能在多个算力结点中迁移,但即使只安装了基础的Cuda+Conda+PyTorch的镜像也要10GB左右,在迁移的时候会浪费时间和资源,也不便从一个平台迁移到另一个平台。因此尝试将环境从镜像
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posted @ 2025-04-17 13:26 溡沭
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2024年3月22日
[计算化学]分子动力学笔记
摘要: 本文为某计算机本科生的分子动力学学习笔记,在gpt4的辅助下,非体系化地整理相关生物、化学、统计力学知识。所有生成内容经过检查和调整,均直接代表本人观点。有科学性错误的话欢迎指教。 什么是分子动力学 定义: 分子动力学是一门结合物理,数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依
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posted @ 2024-03-22 21:10 溡沭
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2024年3月6日
国内服务器下载huggingface模型
摘要: 安装工具 pip install -U huggingface_hub 设置镜像 Linux export HF_ENDPOINT="https://hf-mirror.com" windows $env:HF_ENDPOINT = "https://hf-mirror.com" 下载 huggin
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posted @ 2024-03-06 01:22 溡沭
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2023年12月2日
在WSL2上配置深度学习环境
摘要: 目标 硬件:x86cpu,3060显卡 软件:Win10,WSL2 需要配置:C++和python环境,Anaconda,11.1版本Cuda(适配3060显卡),gcc,g++(都要求10以下版本,兼容cuda-11.1),torch-1.8.0-cu111。 安装WSL2 不要使用wsl --i
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posted @ 2023-12-02 22:39 溡沭
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2023年10月13日
[论文精读][基于点云的蛋白-配体亲和力]A Point Cloud-Based Deep Learning Strategy for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction
摘要: 我需要的信息 代码,论文 不考虑共价键,每个点包括了六种原子信息,包括xyz坐标,范德华半径,原子重量以及来源(1是蛋白质,-1是配体)。原子坐标被标准化,其它参数也被标准化。对不足1024个原子的的复合体,补0到1024。 增加考虑的原子从1024到2048,没有提升,增加原子信息通道,没有提升(
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posted @ 2023-10-13 10:44 溡沭
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2023年10月10日
小郑老师碎碎念
摘要: 今年四月初的时候被朋友邀请,进了一个竞赛培训机构当助教和答疑老师,分配了一个ID叫小郑老师。当老师也不是第一次了,高一就曾经去河源的小学支教,教小学数学,后来在高中的学科社团给人讲算法,讲数论,讲网安。高中毕业之后还自己开了个计算机科学通识班。这次应该是比较正式的一次。被一群小孩叫老师确实是神奇的体
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posted @ 2023-10-10 15:41 溡沭
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2023年8月15日
[源码梳理][机器学习]PointMAE项目源码梳理和修改思路
摘要: Point_MAE项目源码中类的功能梳理。笔者要对它大刀阔斧,但发现自己作为调包侠,对torch的底层很多细节不熟悉,所以细细梳理一下这个项目。 [链接](https://github.com/Pang-Yatian/Point-MAE) ### Encoder * 输入点云(这里为patch),返
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posted @ 2023-08-15 15:41 溡沭
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2023年8月14日
[机器学习]对transformer使用padding mask
摘要: 注:本文是对GPT4的回答的整理校正补充。 在处理序列数据时,由于不同的序列可能具有不同的长度,我们经常需要对较短的序列进行填充(padding)以使它们具有相同的长度。但是,在模型的计算过程中,这些填充值是没有实际意义的,因此我们需要一种方法来确保模型在其计算中忽略这些填充值。这就是padding
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posted @ 2023-08-14 17:11 溡沭
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[论文精读][计算生物][蛋白质预训练表示]Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein Structure Decoy
摘要: 笔者正在调研市面上的蛋白表示方法,论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St
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posted @ 2023-08-14 00:45 溡沭
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2023年4月15日
[深度学习]服务器推送信息到手机
摘要: 效果 原理 微信服务号是可以推送模板类消息到个人账号的,gpu服务器在训练的时候,把重要信息通过post请求发到服务号的服务器,然后以模板消息推送给微信。但只有企业或者个人经营企业才能注册服务号,所以我使用第三方的服务。一个是autoDL的推送,一个是server酱。本来以为不在autoDL机房里的
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posted @ 2023-04-15 14:12 溡沭
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