手把手教你画酷炫环形图（图文详解）

作者：白墨（生信菜鸟团）
原文：https://mp.weixin.qq.com/s/mXuF-xqtFSX-m1agxa_CYg

成品预览

环境需求

R 及 Rstudio 的安装配置

https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/102007737

RCircos 安装

options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options()$BioC_mirror
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("RCircos",ask = F,update = F)

绘制圈图

载入包

rm(list=ls())
  
# 载入包
library(RCircos)

1 绘制人染色体圈图

# 绘制人染色体圈图 ------------------------------------------------------ # 导入人类染色体数据 data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram) # 设置染色体数据 cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram # 设置不显示的染色体 chr.exclude <- NULL # 设置内部环形数 tracks.inside <- 10 # 设置外部环形数 tracks.outside <- 0 # 导入上面四个基本参数 RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,tracks.inside, tracks.outside) # 列出所有绘图参数 RCircos.List.Plot.Parameters() # 绘制染色体图形，默认方法显示染色体名称。 RCircos.Set.Plot.Area() RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()

数据格式：

绘制：

2 绘制基因

# 添加基因名称与连线 ----------------------------------------------------- # 加载数据集 data(RCircos.Gene.Label.Data); # 设置在内环绘制 side <- "in"; # 设置在第一内环绘制 track.num <- 1; # 绘图 RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, track.num, side); # 在染色体上添加基因名称 name.col <- 4; track.num <- 2; # 绘图 RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side);

数据格式：

绘制：

3 绘制热图

# 添加热图类型的环形 --------------------------------------------------------------- # 加载数据集 data(RCircos.Heatmap.Data); # 设置热图数据 data.col <- 6; # 设置第5个环形生成 track.num <- 5; #设置在内侧的环形生成 side <- "in"; # 绘图 RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col, track.num, side);

数据格式：

绘制：

4 绘制散点图

# 添加散点图类型的环形 ------------------------------------------------------------- # 加载数据集 data(RCircos.Scatter.Data); # 设置散点纵坐标 data.col <- 5; # 设置图形在第6个环形生成 track.num <- 6; # 设置图形在内侧环形生成 side <- "in" # 设置数据大于1的点以红色显示，小于数据1的点以蓝色显示 by.fold <- 1; # 绘图 RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data, data.col,track.num, side, by.fold);

数据格式：

绘制：

5 绘制折线图

# 添加折线图类型的环形 --------------------------------------------------- # 加载数据集 data(RCircos.Line.Data); # 设置第5列为绘制数据 data.col <- 5; # 设置第7环形成 track.num <- 7; # 设置内环形成 side <- "in"; # 将chromosome列加入 `chr`,不然会因为数据格式不一致报错 RCircos.Line.Data$chromosome = paste0("chr",RCircos.Line.Data$chromosome) # 绘图 RCircos.Line.Plot(RCircos.Line.Data, data.col, track.num, side);

数据格式：

绘制：

6 绘制直方图

# 添加直方图类型的环形 -------------------------------------------------------------------- # 加载内数据集 data(RCircos.Histogram.Data); # 设置第4列为绘制数据 data.col <- 4; # 设置在第7环绘制图形 track.num <- 8; # 设置在内环绘制图形 side <- "in"; # 绘图 RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data, data.col, track.num, side);

数据格式：

绘图：

7 绘制网络图

# 添加网络图类型的环形 -------------------------------------------------------------------- # 加载数据集 data(RCircos.Tile.Data); # 设置图形在9环绘制 track.num <- 9; # 设置图形在内环绘制 side <- "in"; # 绘图 RCircos.Tile.Plot(RCircos.Tile.Data, track.num, side);

数据格式：

绘图：

8 添加和弦图

# 添加一个或多个基因间的联系曲线 ---------------------------------------------------------- # 加载数据集 data(RCircos.Link.Data); # 设置图形在11环绘制 track.num <- 11; # 绘图 RCircos.Link.Plot(RCircos.Link.Data, track.num, TRUE);

数据格式：