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冰冻三丈
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2018年3月14日
BWA: Burrows-Wheeler Alignment Tool比对
摘要: BWA
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posted @ 2018-03-14 10:54 冰冻三丈
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2018年2月1日
TransDecoder寻找和预测ORF
摘要: 1. 软件下载和安装 下载网址:https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/releases 在当前安装目录下输入make进行编译。 $ make 2. 使用 从fasta格式文件预测编码区: Step 1: 提取最长的开放阅读框 $ TransDeco
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posted @ 2018-02-01 14:58 冰冻三丈
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2018年1月31日
Diamond软件比对蛋白质数据库
摘要: 参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html 1. 下载、安装 下载地址:https://github.com/bbuchfink/dia
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posted @ 2018-01-31 17:56 冰冻三丈
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Blast+比对软件
摘要: 转录组注释离不开Blast+,需要比对到NCBI nt nr等数据库。 1. 软件下载:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 如:ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz,解压后可用。 2.
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posted @ 2018-01-31 16:58 冰冻三丈
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2018年1月23日
cd-hit 转录本聚类
摘要: 可以将Trinity.fasta最长转录本作为unigenes,也可以使用其他软件,如GTICL和cd-hit。一般GTICL和cd-hit得到的unigenes比Trinity软件得到的数量要多,有人指出在GTICL和cd-hit的结果中能找到自己想要的基因,而在最长库中有的难以找到。 1. 安装
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posted @ 2018-01-23 15:48 冰冻三丈
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2018年1月19日
De novo转录组组装
摘要: 1. Trinity安装 需要安装bowtie2。下载:https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases $ make $ make plugins 安装其他组件 $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashr
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posted @ 2018-01-19 17:52 冰冻三丈
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fastp处理数据
摘要: 参考:https://mp.weixin.qq.com/s/yBsUwsMSexxzt2erL_y21g 1. 安装 下载地址 http://opengene.org/fastp/fastp 使用 chmod a+x ./fastp 增加该文件的可执行权限,然后就可以使用了。 $ chmod 777
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posted @ 2018-01-19 14:19 冰冻三丈
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