RSEM-Ebseq-差异表达分析-无参

1. RSEM的安装和使用：

  $ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz

  $ cd RSEM-1.3.0

  $ make

  $ make ebseq

  $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc

  $ source ~/.bashrc

               $ extract-transcript-to-gene-map-from-trinity trinity.fa gene_map （可选，转录本和基因都做）

  $ rsem-prepare-reference --bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity   (I. Preparing Reference Sequences)

              $ rsem-prepare-reference --transcript-to-gene-map ene_map --bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity（可选，转录本和基因都做）

  $ rsem-calculate-expression -p 48 --paired-end --bowtie2 read1.fq read2.fq ref_trinity sample.name  (II. Calculating Expression Values)

              $ rsem-plot-model sample.name sample.name.diagnostic.pdf （可选，看一些统计）

2. 差异表达：

  $ rsem-generate-data-matrix sampleA.results sampleB.results ... > samples.matrix

  $ rsem-run-ebseq samples.matrix 3,3 dge.result    （两个组，每个组3个重复，如2,,3,3为3个组分别有2/3/3个重复）

  $ rsem-control-fdr dge.result 0.05 dge.filter.result   (controlling the false discovery rate (FDR) at level 0.05) (PostFC is recommended over the RealFC)