参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html    http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html

1. 下载、安装

     下载地址：https://github.com/bbuchfink/diamond

    $ tar xzf diamond-linux64.tar.gz

2. 使用

  建立索引

      $ diamond makedb --in nr.faa -d nr

 比对：

      $ diamond blastx -d nr -q reads.fasta -o matches.m8 --sensitive -b 16.0 -e 1e-5

    -q：可以是fasta或fastq（可以是压缩的）

    --taxonmap ：后接文件，蛋白质accession 号对应的物种id，下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz

    --sensitive：比对长片段

    --more-sensitive：比对长片段

    --outfmt/-f：0 BLAST pairwise format
                       5 BLAST XML format

                       6 BLAST tabular format (默认) ，可以自己设置，与blast+相似，如：--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids'

                                                                                                                              默认:               qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

                      100 DIAMOND alignment archive (DAA)

                      101 SAM format

     --max-target-seqs/-k：最大比对输出数，默认25，（1，则输出最好的那个）

     --evalue/-e：默认0.001

     --block-size/-b ：使用内存，默认值2.0则为12G，

     --threads/-p：CPU线程数，默认使用所有的