De novo转录组组装

1. Trinity安装

需要安装bowtie2。下载：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases

 

$ make

$ make plugins 安装其他组件

$ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc

$ source ~/.bashrc

 

注意：trinity主程序运行出现错误，因为bowtie2-build没有--threads参数，编辑：删除--threads $CPU，替换trinity。

2. 运行

 

$: trinity --seqType fq --max_memory 100G --left 1_1.fastq  --right 1_2.fastq --CPU 48

 

组装得到Trinity.fasta，通过util/misc/里面get_longest_isoform_seq_per_trinity_gene.pl得到最长的转录本作为unigene。此外，可以用CD-hit软件再次聚类得到unigene，所得数量一般比前者多。

通过util/里的TrinityStats.pl对组装文件进行统计。