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冰冻三丈
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2018年12月18日
常见方法
摘要: 1. Sort排序:https://www.cnblogs.com/fulucky/p/8022718.html 参 数: -b 忽略每行前面开始出的空格字符。 -c 检查文件是否已经按照顺序排序。 -d 排序时,处理英文字母、数字及空格字符外,忽略其他的字符。 -f 排序时,将小写字母视为大写字母
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posted @ 2018-12-18 17:39 冰冻三丈
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2018年8月13日
提取变异的转录组序列
摘要: 参考:http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html 装bcftools $ tar -jxvf bcftools-1.8.tar.bz2 $ cd bcftools-1.8 $ ./configure $ make $ make install $
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posted @ 2018-08-13 16:49 冰冻三丈
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2018年6月15日
Trinotate-转录组注释
摘要: http://trinotate.github.io/ 装软件: Trinotate TransDecoder sqlite BLAST+ HMMER
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posted @ 2018-06-15 16:45 冰冻三丈
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Trinity-差异表达分析-无参
摘要: (已装RSEM、bowtie2) $ /util/align_and_estimate_abundance.pl --transcripts trinity.fasta --seqType fq --left 1.fq --right 2.fq --est_method RSEM --aln_met
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posted @ 2018-06-15 15:21 冰冻三丈
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RSEM-Ebseq-差异表达分析-无参
摘要: 1. RSEM的安装和使用: $ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz $ cd RSEM-1.3.0 $ make $ make ebseq $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc $ extract-tr
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posted @ 2018-06-15 09:59 冰冻三丈
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2018年5月26日
RSEM-Trinity-差异表达分析-无参
摘要: 1. RSEM的安装和使用: $ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz $ cd RSEM-1.3.0 $ make $ make install $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc $ extract-
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posted @ 2018-05-26 17:35 冰冻三丈
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2018年3月29日
GO功能注释-简单快速
摘要: 参考:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7190779.html https://blog.csdn.net/ygyxl/article/details/79742751 GO 注释主要有两种方法:序列相似性比对(BLAST)和结构域相似性比对(Inte
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posted @ 2018-03-29 09:20 冰冻三丈
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2018年3月19日
snpEff 对snp进行功能注释
摘要: 主页使用说明http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html。 下载解压即可使用(java)。 一、建库 (1)已有2500个基因组的库,直接下载。 查看已有库:$ java -jar snpEff.jar databases 下载库:$ java -
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posted @ 2018-03-19 15:43 冰冻三丈
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2018年3月16日
Bowtie 2使用
摘要: 参考http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml Bowtie: 25-50 nucleotides Bowtie 2:50-1000 nucleotides 1. 建立索引 $ bowtie2-build file.fasta fil
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posted @ 2018-03-16 10:21 冰冻三丈
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2018年3月14日
BWA-Samtools-Bcftools SNP calling
摘要: SNP鉴定的标准流程有三个步骤: 一、mapping 使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对: $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq >aln-pe.sam 二、转换 $ samto
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posted @ 2018-03-14 17:42 冰冻三丈
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