免疫浸润与VDJ编码关系

肿瘤浸润淋巴细胞（tumor infiltrating lymphocyte,TILs）主要由单核细胞和多核免疫细胞组成（即：T细胞、B细胞、NK细胞，巨噬细胞，中性粒细胞，DC细胞，肥大细胞，嗜酸性、嗜碱性粒细胞，等等），其多样性因肿瘤类型和阶段而异，并且与疾病预后有一定的相关性，因此在药理药效研究中是很重要的监测指标。
T细胞受体（T-cell receptor, TCR）是所有T细胞表面的特征性标志。T细胞介导的抗原识别依赖于T细胞受体与抗原-主要组织相容性复合体（major histocompatibilitycomplex, MHC）的相互作用。当TCR、抗原肽、MHC结合时，T淋巴细胞通过信号转导被激活，进入后续的免疫应答过程。TCR是由α、β两条肽链组成异二聚体，α链的可变区由VJ编码，β链的可变区由VDJ编码。由于疾病进展中，TCR会发生很大变化，因此，目前TCR研究应用于癌症、自身免疫、炎症和传染病等疾病研究。

所以为了测组织区域的免疫浸润程度，可以测RNA-seq reads 数目对应到VDJ区域的输目除以总的read数目这个比例作为免疫浸润比例

 

 

在T细胞对疫苗或肿瘤抗原的识别过程中，Vβ基因上的互补决定区3（CDR3，由V、D、J三个区组成）发挥重要作用。具体如图：

 

若检测到某一个TCR Vβ家族CDR3区的克隆化改变，就标志着T细胞对某一抗原发生了特异性应答。 [1]

 

正常情况下随着年龄的增长，由于接触病原体次数的增多，淋巴细胞功能

 

维持的下降，纯真性T细胞数量的减少，使得TCR的多样性分布下降，一般年轻个体中，TCR的多态性多为正态性分布，而老年个体中克隆性分布的比例却增加。

 

TCR的多态性表示T细胞种类或亚群的丰富多彩。 [2]

 

一般来说，CD8+TCR的多态性与年龄相关，随着年龄增加而下降；而CD4+TCR的多态性与年龄的变化无明显关系。在相同年龄下，TCR多态性表达下降表示T细胞亚群减少或消失，对某种新抗原的应答能力下降。

 

所以，准确、特异地定量化检测CDR3区T细胞多态性和克隆化程度可直接反映出T细胞的功能及免疫应答状态，在细胞免疫治疗中能够做到预测疗效、个性化调整治疗方案及准确地判断预后。还可用于抗病毒治疗或骨髓移植后的免疫重建，以及自身免疫性疾病的检测，包括I型糖尿病治疗的生物标志物等。