配置服务器（anaconda + jupyter + R）
总结一下整体的流程：
1. 服务器安装anaconda
首先清华镜像站下载anaconda3。
2. 将下载好的文件用scp命令传入服务器
注意：指定端口用-P命令 p大写
1 scp -P 65532 本机地址 用户名@服务器IP:传输目标地址
如果要传输文件夹请用如下命令：
1 scp -P 65532 -r 本机地址 用户名@服务器IP:传输目标地址
3. 安装
1 bash AnaXXXX.sh
如果需要重装请用
1 bash AnanXXX.sh -u
这里遇到一个坑，就是服务器的一个节点坏掉了，所以要进入到另外的节点
1 ssh -p 65532 XXX@xxx.xxx.xxx //这个节点坏掉了，要进去以后重新指定节点 2 ssh g03 // 指定进入g03节点
4. 安装好了以后要配置路径才可以用
输入命令打开配置文件
vim ~/.bashrc
在最后添加语句
export PATH=/home/XXX/anaconda3/bin:$PATH
XXX为你的用户名
注意
linux配置文件执行顺序为：
/etc/profile→ (~/.bash_profile | ~/.bash_login | ~/.profile)→ ~/.bashrc →/etc/bashrc → ~/.bash_logout
假如在~/.bash_profile文件中没有下面的代码：
1 if [ -f ~/.bashrc ] ; then 2 source .bashrc 3 fi
那么linux就不会自动执行~/.bashrc文件，所以你每次登陆的时候都要手动输入source ~/.bashrc。
所以需要vim ~/.bash_profile 添加代码块中的内容,当然如果不嫌麻烦就每次都source吧！
source之后就可以看到python 可以显示anaconda安装的对应版本
conda也可以用了
先构建环境：
1 conda update -n base conda //update最新版本的conda 2 conda create -n xxxx python=3.5 //创建python3.5的xxxx虚拟环境 3 conda activate xxxx //开启xxxx环境 4 conda deactivate //关闭环境 5 conda env list //显示所有的虚拟环境
5. jupyter 配置远程链接
我个人是不太推荐用网上常见的配置密码的操作，因为如果不配置，打开jupyter每次也会分配一个token把这个复制到密码就可以了
jupyter 也可以指定端口
1 jupyter notebook --port 9995
然后在本机建立通道监听远程服务器的9995端口，即可在自己的浏览器中访问了
建立通道：
1 ssh -p 65532 xxx@xx.xxx.xx.xxx -L 127.0.0.1:9995:localhost:9995
前面的127.0.0.1是为了指定进入g03节点，如果没有开始的节点坏掉就直接用下面的
1 ssh -p 65532 xxx@xx.xxx.xx.xxx -L 9995:localhost:9995
6. jupyter 关联R
先在某个建好的anaconda环境下面安装r,建议把源换成清华的
1 #加源与库 2 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 3 conda config --set show_channel_urls yes 4 5 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 6 7 conda config --add channels conda-forge 8 conda config --add channels defaults 9 conda config --add channels r 10 conda config --add channels bioconda 11 12 #升级conda版本 13 conda update conda 14 conda install R
然后，启动R控制台，运行下面的语句：:
1 install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools')) 2 devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') 3 IRkernel::installspec() # to register the kernel in the current R installation
然后再重启jupyter就可以了
