摘要:
1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T 阅读全文
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转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs:13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改。12/08/20: 修正了一个代码错误;增加了对-rf(Read filters)参数的说明。12/08/1 阅读全文
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转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具。 网址:http: 阅读全文
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le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+= 阅读全文
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1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section)。如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前。头部分的行 阅读全文
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一、更改文件属性 1、chgrp:更改文件属组 语法: 参数选项 -R:递归更改文件属组,就是在更改某个目录文件的属组时,如果加上-R的参数,那么该目录下的所有文件的属组都会更改。 2、chown:更改文件属主,也可以同时更改文件属组 语法: chown [–R] 属主名 文件名 chown [-R 阅读全文
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转载http://www.cnblogs.com/itcomputer/p/4888438.html /proc/cpuinfo文件分析 根据以下内容,我们则可以很方便的知道当前系统关于CPU、CPU的核数、CPU是否启用超线程等信息。 <1>查询系统CPU的个数:cat /proc/cpuinfo 阅读全文
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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide ###TSA提交流程 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/ ### 阅读全文
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1、ncbi登陆,进入SRA,进入new submission 2、 1)SUBMITTER 2)PROJECT TYPE Raw sequence reads 和 ranscriptome or Gene expression monoisolate(单样本) multiisolate(同一个物种 阅读全文
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1、批量建立文件 1) touch A{1..10} 或 touch linux-`seq 10` 2) for i in {1..10};do echo $i; touch $PWD/; done 3) 2) for i in `seq 10`;do echo $i; touch $PWD/; d 阅读全文