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转载：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420107188527933/ 参考资料： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html 18个子库的缩写和全称如下。事实上如果做过 阅读全文
posted @ 2017-08-31 21:08
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GT：样品的基因型（genotype）。两个数字中间用’/'分 开，这两个数字表示双倍体的sample的基因型。0 表示样品中有ref的allele； 1 表示样品中variant的allele； 2表示有第二个variant的allele。 因此： 0/0 表示sample中该位点为纯合的，和re 阅读全文
posted @ 2017-08-29 18:12
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转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6027157.html 在写脚本处理文件系统时，经常需要加载很多模块。其中好多有用函数分散在各种不同的模块中。它们有些是Perl的内置函数，有些是在同Perl一起发行的标准模块中，另外一些是通过CPAN安装的。 下面来看15 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:51
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转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6016320.html 一般来说，将文档的名称作为参数传递给perldoc命令，即可查阅该文档。比如下面，给定文档名称perltoc，就会显示所有内置文档的目录： 你也许会对perlsyn文档的内容感兴趣，该文档主要描述Pe 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:47
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https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:14
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转载：http://www.zilhua.com/2081.html 参考资料：http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm 1. Mapping BFAST: A fast and accurate tool for mapping of sh 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:11
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转载：http://www.zilhua.com/2222.html http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/ SGE作业调度系统的简介 一、常见的几种作业调度系统 Condor是一个资源管理和作业调度系统，是来自Wisconsin-Madison大 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:04
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转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6418669.html 转载自http://www.zilhua.com 在本博客中，所有的软件安装都在服务器上，且无root权限。理论上适合所有的用户。 我的安装目录 cd /home/zilhua/software 1、 阅读全文
posted @ 2017-08-27 21:02
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转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools. 阅读全文
posted @ 2017-08-26 16:47
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转载：http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组？ map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题，是基因组测序（DNA-seq）还是转 阅读全文
posted @ 2017-08-23 17:13
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