38、生物数据库

核酸数据库：一级：NCBI---NIH            EMBL---ENA               DDBJ---NIG (共同组成INSDC)            ENsemble           JCVI(宏基因组，HMP： Human Microbiome Project)等

                     二级：wormBase    FlyBase       Unigene等

蛋白数据库：

一级：蛋白序列数据库

                   Swisspro(人工注释的蛋白序列数据库)

                    TREMBL(Translation form EMBL 计算机注释的蛋白序列数据库)

                     PIR（Protein information Resource 支持基因组学，蛋白组学和系统生物学研究）

                    ###共同组成联合蛋白序列数据库（Uniprot: Universal Protein Rsouce）三个层次的数据库http://www.uniprot.org/

                      UniParc:收录其所有子库的蛋白序列，量大，粗糙

                      Uniref:    :收录其几个主要数据库，并将重复序列去除

                      UniProtKB：有详细的注释并与其余数据库有链接，分为UniProtKB/Swiss-Prot      UniProtKB/TrEMBL

一级：蛋白结构数据库（PDB，Protein Data Bank），共蛋白结构

                 世界上唯一生物大分子3D结构数据库。大分子除了蛋白质以外还有核算以及两者的复合物。数据库分为四级，一级结构primary structure：氨基酸序列 ；二级结构Secondary structure ：周期性的结构构想，α螺旋，β折叠；三级结构Tertiary structure：整条多肽链的空间结构，3D结构；四级结构Quaternary structure：几个蛋白质分子（亚基）形成的复合体，如四聚体等。http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do     例子：3H6X         JSmol可视化软件

 

二级：Pfam数据库http://pfam.xfam.org/

 

                是一个蛋白质结构域家族集合，目前有16712个蛋白质家族。蛋白质有一个或者多个功能区域组成，这些功能区域通常称为结构域。