11.R语言流程
1、安装软件包
常见软件仓库3个:
1.1 CRAN :
install.packages('package')
1.2 Bioconductor:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10") ##安装DSS包:library(‘BiocManager’)
BiocManager::install('DSS') # 'methylkit'
1.3 GitHub
library('devtools') ##install.packsges('devtools')
install_github('package')
2、清楚环境中已拥有的变量
3、设置工作目录
getwd()
setwd('D:/work')
4、加载软件包
library(‘package’)
5、读取文件
read.csv : read.csv(file='file.csv',header=T,row.name=1) ##,分割
read.table : ##默认tab 分割
read.delim: ##可以设定分割符sep='\t'等
6、执行命令
7、结果写入
csv 格式输出:
wirite.csv(data,file="out.csv",col.names=T,row.names=T,quota=F)
tab 格式输出
wirite.table(data,file="out.txt",col.names=T,row.names=T,quota=F,sep="\t")
8、图片输出
8.1 位图:
png(file="out.png",height=800,width=600,units="px",res=72) ##units 像素 ;res 分辨率(ppi)
绘图命令
Dev.off()
8.2 矢量图
pdf(file="out.pdf",height=8,width=6) ##pdf 尺寸单位是英寸(inch)
绘图命令
dev.off()