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摘要: 卡方检验的定义 卡房检验可以来检验两个因素的关联性,但是不能直接表示出关联的强弱,常见的2x2卡方和列联表组合。 卡方检验是一种非参数检验方法。 相对来说,非参数检验对数据分布的要求比较宽松,并且也不要求太大数据量。 卡方检验是一种对计数资料的假设检验方法,主要是比较理论频数和实际频数的吻合程度。 常用于特征选择,比如,检验男人和女人在是否患有高血压上有无区别,如果有区别,则说明性别与是否患有... 阅读全文
posted @ 2020-04-08 14:01 raisok 阅读(2359) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Odds ratio(OR)从字面上可看出,是两个odds的ratio,其用于: 在病例对照研究(case-control study)中,分析暴露风险因素与疾病(或者用药)的关联程度;主要是反映暴露与疾病之间关联强度的指标,OR常适用于病例对照研究,也可以运用于前瞻性的研究(当观察时间相等时) 与 阅读全文
posted @ 2020-04-08 14:01 raisok 阅读(4770) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 方差分析 试验指标:试验中要考察的指标,即收入 因素:影响试验指标的条件,如性别,年龄 水平:因素所处的状态,比如性别的分为男,女 单因素试验:在一项试验中只有一个因素改变 多因素试验:在一项试验中有多个因素改变 单因素方差分析 方差分析(Analysis of Variance,简称ANOVA),又称F检验,用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。方差分析主要是考虑各组之间的均... 阅读全文
posted @ 2020-04-08 14:00 raisok 阅读(1431) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 三元散点图目的:绘制NMF, 细胞比例,WGCNA的相关性三元散点图工作路径:/media/sdc/yueyao/project/20200405_pearson输入文件格式OUT_IDSoilRootRhizosphereave_raenrichmentOTU_10050000noneOTU_10 阅读全文
posted @ 2020-04-07 13:16 raisok 阅读(1098) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 作为一款经典的转录组组装软件,在众多的转录组组装软件中认可度应该是最高的,而且版本一直在更新,现在已经出到了 版。此文主要用于记录阅读Trinity源码过程中的一些理解,阅读的Trinity源码版本是 。 Trinity的源码涉及到的各种不同的编程语言,例如 等。同时也使用了几款不同的生物信息分析软 阅读全文
posted @ 2020-03-14 15:01 raisok 阅读(2387) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 最近使用picard时出现如下报错,记录一下 运行代码如下: 解决办法 增加参数即可MAX_RECORDS_IN_RAM=1000000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=1000 阅读全文
posted @ 2020-03-14 14:59 raisok 阅读(737) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 软件介绍 软件安装 R版本 library(devtools) install_github("velocyto-team/velocyto.R") 需要安装hdf5,详细见hdf5的安装 然后报错,需要安装pcaMethods BiocManager::install("pcaMethods") 阅读全文
posted @ 2020-03-06 10:40 raisok 阅读(6448) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 输入文件格式 处理之后的输入格式 使用脚本 使用命令 输出文件结果 输出文件格式 阅读全文
posted @ 2020-03-06 10:37 raisok 阅读(561) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 软件介绍 SENIC 是一种同时重建基因调控网络并从单细胞RNA seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析网络活性以鉴定细胞状态 https://www.nature.com/articles/n 阅读全文
posted @ 2020-03-06 10:35 raisok 阅读(8623) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 软件下载 BLAST+的一般用法如下: 格式化数据库 参数说明: in:待格式化的序列文件 dbtype:数据库类型,prot或nucl out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) 参数说明: query: 输入文件路径及文件名 out:输出文件路径及文件名 db:格式化了的数据库路径 阅读全文
posted @ 2020-03-06 10:33 raisok 阅读(7134) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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