摘要：
下载地址与参考文档 https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz [https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf]（htt... 阅读全文
摘要：
这里以小鼠为例子下载相应的注释文件，基因组版本为mm10 下载refGene.txt.gz 网址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/refGene.txt.gz 下载gene_info.gz... 阅读全文
摘要：
一：Git是什么？ Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统。 二：SVN与Git的最主要的区别？ SVN是集中式版本控制系统，版本库是集中放在中央服务器的，而干活的时候，用的都是自己的电脑，所以首先要从中央服务器哪里得到最新的版本，然后干活，干完后，需要把自己做完的活推送到中央服务器。集中式版 阅读全文
摘要：
输入文件： fastq格式 输出结果： kmer的频数和对应的kmer类型 系统环境Ubuntu单机版17.01 spark版本2.7 此次测试主要用到了RDD的函数foreach和zipWithIndex，zipWithIndex这个函数是可以直接对gz文件进行操作的 python的主要通过lam 阅读全文
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spark的安装 系统：Ubuntu 下载地址 tar zxf spark-2.2.1-bin-hadoop2.7.tgz mkdir spark-2.2.1 mv spark-2.2.1-bin-hadoop2.7 spark-2.2.1 cd spark-2.2.1 ln -s spark-2. 阅读全文
摘要：
输入文件：fa格式的文件 输出结果：kmer的频数和对应的kmer类型和计数 1.将fq.gz的文件转换成fa文件： #!/usr/bin/python env # -*- coding:utf-8 -*- import os import re import os.path import gzip 阅读全文
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记录一下简单的git操作，方便后面查阅 git clone ssh://git@gitlab.genomics.cn:2200/xxx/workflow_wdl.git 第一次需要把所有代码下载下来。或者修改前也可以先clone或者pull 一次 保证log和commit是最新的 git branc 阅读全文
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selenium是一个python模块，具有自动化模拟浏览器的功能 selenium的中文文档地址：http://selenium-python-zh.readthedocs.io/en/latest/index.html 测试教程网：http://www.testclass.net/# Mecha 阅读全文
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使用glob匹配目录下的文件 import os import glob path="./" for infile in glob.glob(os.path.join(path,"*.Result.xls")): os.remove(infile) 阅读全文
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datetime模块可以获取系统当前的时间或者用来计算时间差 from datetime import datetime 模块的载入 datetime.now() 获取当前时间 获取时间差 import datetime starttime = datetime.datetime.now() #lo 阅读全文