raisok

摘要： 数据格式如下 Sample CM11 CM12 CM13 CM21 CM22 CM23 CM31 CM32 CM33 CM11 1 0.9627369 0.9884578 0.9841946 0.9762492 0.983613 0.9575127 0.743262 0.6178 CM12 0.96 阅读全文

摘要： win10 操作系统，R3.4版本 NMF包的下载 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Biobase") install.packages("NMF") 报错rngtools没有安装，手动下载rngtools安装一直失败， 阅读全文

摘要： 什么是snakemake? snakemake 是一个流程搭建的工具，这里主要用来记录一些snakemake的使用方法 对于run或者shell部分的需要使用sample变量可以使用wildcards.sample来获取 对于写好的模块可以使用include来载入，然后使用rule all定义所有的 阅读全文

摘要： 首先确认账号和密码没有问题，这个很重要，因为我自己犯了这个错 主要原因是博客园api的地址问题 我的博客地址如下 https://www.cnblogs/raisok 但是我推送的时候写错了 http://www.cnblogs/raisok 正确的推送地址应该是 https://www.cnblo 阅读全文

摘要： 如果是默认的R安装一般会很慢 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos, type), method, available = NULL, destdir = NULL, dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),... 阅读全文

摘要： 基因: 是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段 基因型: 又称 ，是某一生物个体全部基因组合的总称。它反应生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和。遗传学中具体使用的基因型，往往是指某一性状的基因型。两个生物只要有一个基因座不同，那么它们的基因型就不相同，因此基因型指的是一个个体所有等位基 阅读全文

摘要： 使用sed打印第99行 使用awk打印第99行 perl 完成 阅读全文

摘要： 数据格式如下 代码如下： 使用fimo对Traf1基因进行motif的寻找 下载motif数据库 代码如下 需要注意的是bed文件时从0开始算位置的，而gtf等注释文件时从1开始算的，所以gtf转换成bed的时候要减少一个碱基的位置 数据格式 画图代码 阅读全文

摘要： 一、准备工作 meerkat 0.189版本和以前的版本相比，支持bwa mem 输出的bam文件，还支持全外显子数据count SV。 meerkat原理 1.1 需要准备的软件 unix/Linux系统（自带） CMake（自带） PERL 5.8.1及以上（自带） BioPERL 1.5.0及以上（自行安装） R 2.3.1及以上（自带） samtools 0.1.5到0.1.19... 阅读全文

摘要： bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的，只是bam是二进制的压缩文件，需要通过特定的软件来进行查看，bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section（头部分，注释信息，以@开头，可有可无）和alignment section（比对结果）两个部分。 alignment section由11个字段组成 1 序列的名字，也就是reads的名称 ... 阅读全文