摘要：
## Please see https://www.biostars.org/p/196548/#196757 ## Transcript Length library(GenomicRanges) library(rtracklayer) ## reading your mm10 gtf file and read only exons GTFfile <- gzfile(descripti... 阅读全文
摘要：
DNA-Seq Alignment Command Line Parameters STEP 1: CONVERTING BAMS TO FASTQS WITH BIOBAMBAM - BIOBAMBAM2 2.0.54 STEP 2: BWA ALIGNMENT - BWA 0.7.15 - SA 阅读全文
摘要：
这里有一份示例数据，是NHLBI（美国国家心肺血液研究所）的Framingham心脏研究专项数据集的一个子集，4000多个样本。 自变量分别为性别（sex）、收缩压（sbp）、舒张压（dbp）、血清胆固醇（scl）、年龄（age）、身体质量指数（bmi）等，因变量为冠心病相关死亡事件（chdfate 阅读全文
摘要：
test.txt:文件格式： TCGA-3M-AB46-01A-11R-A414-31 aTCGA-3M-AB47-01A-22R-A414-31 bTCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 bTCGA-B7-A5TN-01A-21R-A31P-31 aTCGA-BR-6457-01 阅读全文
摘要：
首先准备数据： TCGA-2J-AAB101A-11R-A41B-07 用R绘制热图：首先要安装pheatmap包 然后根据表达量绘制，横轴作为样本（分为两组），纵轴作为基因。 1.导入数据 2. log数据 3. 用preprocessCore包做标准化，此步骤在你不需要的时候可以省略 4. 热图 阅读全文
摘要：
test.fa >chr_1 ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTA AGGTCTNAAccAAttGggG >chr_2 ATCGAATGATCGANNNGccTA AGGTCTNAAAAGG >chr_3 ATCGTCGANNNGTAATggGA AGGTCTNAAAAGG >chr 阅读全文
摘要：
####teach code####library(survival)#read expression data and modify its class and colnames/rownames #PAAD_gene_expression.csv数据已经经过Z_转换的数据。 z_rna <- r 阅读全文
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下载基因组外显子信心 网站 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt 运行下列代码 得到外显子大 阅读全文
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对于芯片或者其它表达数据来说，最常见的莫过于quantile normalization啦。 那么它到底对我们的表达数据做了什么呢？首先要么要清楚一个概念，表达矩阵的每一列都是一个样本，每一行都是一个基因或者探针，值就是表达量咯。quantile normalization 就是对每列单独进行排序， 阅读全文
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A.txt A1 10.5318295 10.99222177 11.03562467 10.96557789 10.83035429A2 6.739434821 7.116196513 6.580855876 6.373403461 6.171394699A3 8.211470461 7.4081 阅读全文