利用cytoscape做网络图

首先做出下面的基因间相互关系图

 

1.准备sif文件

data.sif 网络数据文件

gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9

node.txt 网络属性文件

gene exp
gene1 0.2
gene2 0.3
gene3 0.7
gene4 0.3
gene5 0.9
gene6 0.7
gene7 0.3
gene8 0.1
gene9 0.5

2.将两个文件分别导入cytoscape

File --> Import -->Network--> file-->Import data.sif

File --> Import -->Table--> file-->Import node.txt

3.添加属性

将properties--Size --修改 如下图 将每个基因的圆圈的大小用每个基因的表达exp(cloumn 2)表示

 

4.保存导出即可。

选择File --> Export -->Current Network View as graphics --> Format 选jpeg 确定--> OK