学习日记-4月

4/5/2017

linux:

还是跟3月份的教程是一样的，不过学到了day2了

刚开始看了下fastq的格式（现在是几乎所有的illumina测序平台的通用格式了），然后fastq一个数据有有4行，分别是ID，序列读长，+，和对应的测序质量。这些都是可以在百度或者谷歌搜到的（下次准备单独更新市面上的测序格式）

常见的fastq格式的命令

zcat filename | grep ^*** | wc -l         以***开头的有多少行

                     | less                              查看具体的数据

                     | head -n 4000 > top_1000.fastq 将前4000行截下来，然后保存（注意，由于一个读长数据占的是4行，所以我们只能获得1000个数据）

　　　　　　　| tail -n 4000 > bottom_1000.fastq

然后学习了paste命令，最常用的就是

zcat filename.fastq.gz | paste - - - -(这里的“-”之间是有空格的！！！！)，然后就能把原来4行的fastq一个数据变成了以一个4列格式显示。（如果不是很懂这个命令，可以先用ls | paste - -先试试）

zcat filename.fastq.gz | paste - - - - | head -n 1000 > top_1000.txt(这里，由于4行变一行，所以只需要取前1000行即可)

具体的paste的用法可见，http://logo32.iteye.com/blog/1316299

然后初步地学习了linux的大杀器-awk编程

但光看那个手册不是很懂。。。我觉得我得找本资料或者书去看看。。。。。突然感觉我要从入门到放弃了。。

暂定这个网站：http://www.zsythink.net/archives/tag/awk/

 

4/8/2017

 linux:

学习了评估illumina数据的质量（先前已经有过一篇了，可见3月份的生物信息学-教学------  用FastQC检查二代测序原始数据的质量，不过那篇是转载的）

 上面提到了windows下跑很慢，因为你得连接到fastqc的服务器上，所以还是linux下跑比较快。

python：

学习了字符串的转化，初步了解了下元祖（tuple）

学习了python的类型转化，int（），float（），str（），bool（）--待学

了解了下函数，自己写了个弱鸡函数，注意def sayHello（）：-----（）和：都不能少，下面的tab缩进！！也不能少，还有不能在定义的函数里面再调用自身。

然后还是决定用笔，纸记笔记了，赵奶奶貌似以前说过抄程序其实也是有帮助的。

 

4/10/2017

python:

学习了python的加参数

4月的事应该忙完了，应该可以抽出时间来学习编程了，接下来要把R语言也加上了。

 

4/11/2017

python:

学习了函数的简单使用，大致跟VB还是差不多。但要注意，python的函数是要有返回值的，即return，如果没有返回值，会得到一个None的对象，具体也可以见

https://www.zhihu.com/question/23765556/answer/25592016

http://www.iplaypy.com/jinjie/return.html

这两篇综合起来看

cross 先生最后说到：函数可以把某个功能的代码分离出来，在需要的时候重复使用，就像拼装积木一样，这会让程序结构更清晰。让我突然感觉其实函数跟合成生物学有点相似，都是把一类东西封装了，想用的时候拿出来用就行了

4/13/2017

python:

学了if，else，elif。大致跟VB还是一样，有点明白return这个东西了。

感觉最近越来越忙了。。。。。

4/22/2017python：

学了list相关的内容，学了索引，还学了切片。注意切片的话，开始位置包含在切片里面，结束位置不包含。