学习日记-3月

3/24/2017

python：

利用crossin的编程教室，学习了python的random模块，并用随机数编了一个弱智小游戏。。。

linux：

利用Sequence Data Analysis Training School这个莫名的网上教程，再次学习和巩固了基本的命令，

ls-lists files in a directory  当然还可以加参数，比如-l，-a等等，当然ll相当于ls-l了

man+command - provides help for a command.来看。(这个命令类似于软件+ -h)

man-k 当你想要进行某种任务，但却不知道命令时，可以用这个命令，例如man –k list 会列出所有跟list相关的命令。

 

3/25/2017

python：

学习了python的bool逻辑值，True False（注意这两个字母开头要大写，跟VB那种不区分大小写的完全不一样）。然后还要注意=是赋值，而==是相等。

linux:

学习了linux的文件命名

1）特定的字母不能用（额，还没遇到过）    2）linux不能处理在文件名中的空格，比如你mkdir my document，linux会创建my和document两个文件夹。这时候你只有用引号引起来“my document”或者加\反斜线，my\document才可以。  3）linux不区分大小写。

 

3/26/2017

python:

学习了python的for命令，for i in range(1,10)，还做了一些题    然后要注意input和raw_input的区别。然后还发现如果你想在一行里面定义多个变量，应该用分号；，而不是像VB一样用：

linux:

重新学习了cd,pwd，mkdir等常见命令,再次感慨下linux的tab补齐功能（突然想到我的虚拟机上还没有装好vim的插件。。。所以敲python代码的时候还是很麻烦的，不过还是等我python到了一定程度再装吧。）

然后发现了又一个神器，history命令，可以看到之前的所有你敲过的命令，然后history命令还可以加参数，比如history 30，可以只显示过去的30条命令,然后你想要用哪条命令，直接！加数字即可，比如！12.（其实加数字提取感觉不是很实用唉，还不如在history中选中右键呢直接就可以复制并执行命令了）

然后还试了下gedit。。。发现打不开，还不如vim呢

文档里面讲了三种提取文本的方法（不止于txt），cat more less，笔者推荐了more or less，但cat其实后面加参数也是可以的。这些提取方法再灵活运用liunx的|管道功能，还是阔以的在有些方面。

然后还提到了more或者less的又一个功能，即你在读完文本后，比如加/ATCG,就可以在你所见的页面下面找ATCG，加？ATCG，就可以在你所见的页面上面找ATCG。然后按n键相当于向上的箭头，N键相当于向下的箭头。

以水稻基因组为例

 

3/27/2017

python:
了解了python的字符串，在python里面单引号和双引号意思是一样的，但当你如果你想表示一段带有英文单引号或者双引号的文字，那么表示这个字符串的引号就要与内容区别开。比如“I‘m Shangguandong”

但可以用\'来表示单引号，作为转译，同时也可以试试\n（作为换行），\还可以再代码中换行而不影响输出结果，具体的这些可见crossin的编程教室以及我的作业。

同时更方便的是"""用三个引号上下框起来，这样随便你单引号双引号了。

然后还学习了字符串的格式化，了解到了%的用法，发现不仅可以用来做不同变量类型之间的替换，还可以在任意地方添加东西。然后强化了我的弱智小游戏

ps：不得不说，python真的真的代码比VB优美多了。。。

 

linux:

复习了cp，基本的规则是：cp + 文件+路径

1）如果你在路径没有加，就会cp在当前的路径下

2）如果你的选择的路径在当前是不存在的，则创建

可以用通配符*，如sgd-RNA/*，这样可以把sgd-RNA文件下的所有文件都拷贝到另一文件夹。

而cp —R则可以利用递归（recursive）把sgd-RNA文件下包括子文件等等都拷贝

 

复习了rm，rm + 文件名（可多个）

1)当rm空文件夹时，可直接rmdir+文件夹名。但如果文件夹内有内容，则需把所有的内容都清空，再rmdir，或者直接使用递归，rmdir -r

 

进一步了解linux中我最喜欢的一个命令，管道(piping)  "|"

1)当你想看某个目录下的文件（目录，路径貌似有点搞混了），一般会使用ls命令，但有时候ls出来有太多文件，一页放不小，这时候就可以用管道了。这样就可以逐步地把文件list出来。

2)管道其实可以用来提取序列，比如你只想要水稻第3条染色体的序列，就只需要用grep加一些正则表达再| > newfile，就可以把第3号染色体提取出来了。

wc命令，即为（word counting），可以计数用，加个-l啥的就可以干好多事，就比如数ATCGGGG这个再染色体里出现里几次啥啥的。

grep命令，用来搜索，配合正则表达式简直高效的不要不要的。。。。（然后grep还可以加参数，比如 -v ，就等于把ATTCGG全部剔除掉）

但grep在搜索一个文本中的特定内容时貌似可以直接搜索，比如 grep ATTCGG rice7.fa --color ，就可以把所有包含ATTCGG的显示出来。

但当搜索目录下的文件名时，grep "R" .就 不可以，还是得依靠ls . | grep "R" ,ls先列出来，通过管道再给grep搜索

然后突然机智地想到，如果想要提取第1条染色体和第2条染色体之间的序列（之间赵汀学长用perl试过，但我觉得python应该也有，但我还没学到），就可以用如下命令，找到第2条的行数，再用sed命令即可

 

 

3/28/2017

linux:

学习了linux的权限：linux的用户被分为了user，group，others这三组，然后你对于文件又有三种权限，r（read），w（write），x（execute）。

我们以服务器为例，当你进入服务器后，就会带有一个用户身份（user  ID，UID）和一组身份（group ID，GID）。一般来说用户信息保存在/etc/passwd中，组信息保存在/etc/group中(虽然我在服务器里没看见。。。)

言归正传，可以看到下面的9位权限说明，以123.py为例我们依次来解读。

第一个符号代表的是类型，“-”代表这是个文件，“d”代表这是个directory，“l”代表这是个连接（link）或者快捷方式（shortcut）

第一组（后3位）表示，如果我的名片上的用户身份证明我是该文件的拥有者，那么我就可以对该文件有读取(r)，写入(w)该文件的权限，但不拥有执行(-，如果拥有执行权限，则为x)该文件的权限。第二组表示，如果我的名片上的组身份证明我所在的组是该文件的拥有组的一员，那么我有从该文件读入和写的权限。第三组表示，如果我的名片显示我既不是拥有者，也不是拥有组的一员，那么我只有读入的权限。当我想要进行一个读取操作时，Linux会先看我是否是拥有者。

为了改变我们对文件的权限，我们可以使用chmod命令。

chmod用u，g，o分别带代表user，group，other，用r，w，x代表读写执行

使用规则如 chmod u=rw filename

关于具体的权限，以及linux的一些基本知识，推荐大家可以去

http://www.cnblogs.com/vamei/archive/2012/10/10/2718229.html这个博客，非常的详细。

 

3/30/2017

python：

学习了python的循环嵌套，跟VB应该是一样的（就是缩进要注意点）。

for i in range(0, 5):

 

   print '*',

这样有“，”逗号的话，就会输出一直在一行，如果不加“，”，每次会逐行打印。然后发现vim编辑器我还没有添加degug功能，决定跟tab补全这种插件一起，等以后要用到了再添加吧

 

 

linux:

学习了head和tail，可以输出你要读取的文件的前n行或者最后n行，具体使用为

head -n 数字 filename

学习了重定向（Redirection）。

首先我们必须了解什么是重定向。每个命令有输入源和输出目的地，默认行为，是标准输入和标准输出。大多数情况，标准输入是键盘，标准输出是屏幕。可以为单独的操作修改输入和输出，这就是重定向。重定向可以使某个命令从源文件输入而不是键盘，或输出到显示器以外的地方（比如存储到文件）

使用<和>来定义输入和输出源。使用>>追加到文件的末尾（即不会覆盖原来的内容，只会在文件的末尾加上内容）。

比如：sort<terms>terms-alpha，就意味着这个命令将terms文件中的条目排序，然后输出到terms-alpha文件。

而前面说过的管道，就是把把输入和输出重定向结合到一起，将一个命令的输出立即作为另一个命令的输入。

sort<terms>terms-alpha | mail fred

执行前面的操作后，将terms-alpha文件邮寄给fred。

前面来自于linux公社，这里我们再次以服务器上的内容为例

我们把head的内容输出到了123.txt这个文件中而非屏幕上

我们把head的内容输入到了管道中，再由管道输出，然后grep“A”，然后再把grep的内容输出到了1234.txt上。

注意：>这个符号经常被用作序列中，比如>Chr01，所有当你搜索>时，必须加上“”，不然会出错。

 学习了linux的压缩包,一般测序数据的压缩包为两种。

一种是.tar.gz files (sometimes names .tgz) ，对其的命令一般为

gunzip < filename.tar.gz | tar xvf -
gunzip < filename.tgz | tar xvf -

也有说直接tar zxvf filename.tar.gz的，下次遇到了再试试吧

一种是.gz 对与这个，只需要gunzip filename.gz,或者你想看内容 用zcat filename.gz

对于linux下的解压，具体可以看这篇文章http://blog.csdn.net/stark_summer/article/details/43233605

其他的一些小tips：

1.proces不想跑了，用ctrl+c

2.结束终端，用exit

3.屏幕太烦，用clear

4.用putty的时候，如果你想要复制什么，高亮（就是用鼠标选择）+右键。从windows到liunx，ctrl+c，右键

啊啊啊啊啊，终于在3月的尾巴结束了基本的linux的了解，转入4月份的学习计划