基因名称转换问题

转自欧意生物。https://www.sohu.com/a/110476023_464200

LncRNA自从发现至今，相关研究如火如荼。欧易生物也给很多科研工作者提供lncRNA测序和芯片检测的服务工作。但检测后，很多老师反馈，lncRNA序列等相关信息查询非常困难，忆秋就此整理一套lncRNA常用、好用的数据库，供各位看官参考。

1.LNCipedia

该数据库针对人进行lncRNA数据的收集、整理，共收入111,685条人类有注释的lncRNA转录本，同时还包含ncRNA转录本在基因组位置、长度、结构、miRNA结合、lncRNA在其他数据库中相关记录等信息。使用者可以在该数据库中录入、搜索和下载lncRNA相关信息，最近更新时间为2015年10月。

链接：http://www.lncipedia.org/db

研究者可以根据以上筛选条件进行lncRNA限定条件搜索，查询关注lncRNA信息。

PS：该数据中lncRNA名称有些特别，例如lnc-ABCB4-1:8，表示距离基因ABCB4最近的第1个lncRNA的第8个转录本。

2.Lncrnadb

该数据库提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站，只收入真核生物的lncRNA信息，主要包含lncRNA的序列特性、表达信息、功能、物种保守性、与其相互作用RNA分子等信息。使用者可以在该数据库中搜索和下载lncRNA相关信息，最近更新时间为2015年11月。

链接：http://www.lncrnadb.org/

该数据库允许利用lncRNA的name和sequence进行查询，并可对物种进行限制。同时此数据库使用的是NCBI的gene命名法，使用上完全没有障碍的。

3.LncRNome

该数据库是针对人类构建的，收入了超过18,000条转录本，主要提供lncRNA的分类、染色体位置、二级结构、与其他数据库相关联信息、生物功能描述、与疾病关联的数据，同时提供lncRNA与protein互作功能预测、SNP位点等信息。

链接：

该数据库可根据lncRNA的name进行查询，也可根据染色体编号或lncRNA类型进行查阅。lncRNA名字接受RP11-XXXX类型，也有HAS-LNCXXXX类型的，某些研究较多的lncRNA，也可以用常用的name搜索，例如HOTAIR。

4.LncRNADisease

该数据库由北京大学构建，主要收入了已研究与疾病相关的1564个lncRNA数据，同时也可对新的lncRNA进行与疾病关联预测，支持上传、浏览、搜索和数据下载。最近更新时间为2015年6月。

链接：http://210.73.221.6/lncrnadisease

无论是浏览还是搜索，都可以分别从lncRNA和disease两方面入手。

5.NONCODE

该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库，目前收入了16个物种（人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩）的ncRNA相关信息，包括表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等，并可进行序列Blast搜索，同时支持数据下载。

链接：http://www.noncode.org

该数据库支持常用lncRNA的name、NONCODE ID（例如：NONHSAG000001）搜索，部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索。

PS：该数据库虽然功能比较强大，但是偶尔会出现bug，暂时不可用现象。