摘要：
1.安装Python，这里选择2.7还是3.4都行，不过推荐使用2.7，毕竟现在的教程大部分还是基于2.7的，3.4跟2.7的语法还是略有不同，为了避免语法错误的麻烦，还是推荐大家使用2.7。下载地址为：https://www.python.org/downloads/2.下载Numpy,SciPy... 阅读全文
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今天碰到一奇怪的事（如下图）：在集群上操作会显示不存在该nib文件，而在apple上却能识别到该文件 阅读全文
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PBS脚本中的walltime要是设置得太小，有可能程序还没跑完时间已经到了，那这会就会自动跳出程序，之前跑的都浪费掉了。跳出程序时系统会发出一条信息，提醒你去查看邮件 阅读全文
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Samtools merge 时出错：弄了个软链接，如图2，使用链接过去的文件时出现图1的错误，主要是软链接的时候没有全部提供绝对路径。出现以下错误，是因为事先没提前对bam文件进行sort,genomeCoverageBed中的输入文件同样需要经过排序，如若是bed，则须用sort排序，如若是ba... 阅读全文
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有很多种格式来记录mapping的结果，大多数都收录在UCSC的帮助文档中。在mapping之后，如何对mapping的结果进行评估呢？ 最简单的，就是通过samtools来评估mapping质量了。samtools idxstats aln.sorted.bam注意，这一步之前需要经过sort和i... 阅读全文
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当用samtools把sam转化成bam时出错，出现以下提示，主要是因为sam文件由maf-convert转化而来，maf-convert只能处理两条序列的比对文件。因此如若想得到多条序列的bam文件，只能两两比对文件转化成bam文件，再用samtools merge 对多个bam文件进行合并。 阅读全文
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出现“no alignment found for ......”主要是提供的树不正确。第二张图，当对三个物种构成的结果操作时，能顺利进行。但当对四个物种构成的结果操作时，就提示如下错误，估计得再次提供树 阅读全文
摘要：
Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。Scaffold：基因组de novo测序， 通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumin... 阅读全文