04 2022 档案

使用nnUNet跑BraTS脑肿瘤分割预测TC和ET非常低的原因。

摘要：使用nnUNet跑BraTS脑肿瘤分割预测TC和ET非常低，原来是预测的时候，使用了预处理后的标签。原本标签是：2:WT, 1:TC, 4:ET。但是预处理之后变为：1:WT, 2:TC, 3:ET。所以我们对于最后预测完需要变回原来的标签值。nnUNet需要改动代码位置：nnunet/infere 阅读全文

posted @ 2022-04-29 09:34 九叶草阅读(591) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python：将文件从一个目录移动到另一个目录。附：nnUnet使用

摘要：在使用nn-Unet做BraTS2019数据集预测时，预测文件分别生成了三类文件：.pkl .npz .nii.gz，我们需要的是.nii.gz文件。所以需要进行文件移动。 # coding:utf-8 import os,shutil import time src_path=f"C:\\User 阅读全文

posted @ 2022-04-23 18:48 九叶草阅读(1244) 评论(0) 推荐(0) 编辑

使用KFold交叉验证方法划分训练集和验证集

摘要：在进行深度学习时，为了提高精度，或者为了评估我们模型的优劣，以及如何选择一个更好的模型。这样我们就需要用到交叉验证方法。我们主要实现如何使用KFold划分训练集和验证集 #coding:utf-8from sklearn.model_selection import KFold def selec 阅读全文

posted @ 2022-04-19 16:44 九叶草阅读(505) 评论(0) 推荐(0) 编辑

三维医学图像数据扩充：flip and rotate

摘要：对于小数据量医学图像进行深度学习使，会由于数据量过小而过拟合。因此我们需要采用数据扩充方法，而flip和rotate又是经常用到的，这里做一个简单的实现。输入为[batchsize,height, width, channel]。这里是2D医学图像数据增强，我之前应该有写到3D增强，不过2D稍加改阅读全文

posted @ 2022-04-19 16:07 九叶草阅读(654) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python：批量删除指定文件目录中多个文件

摘要：#coding:utf-8# 任务需要，需要删除多余的文件，手动删除太麻烦，几行python搞定 import os from glob import glob path = r"/media/icml-014/peixu/MyData/2019brain/valid/*" # 获取到目录 all_ 阅读全文

posted @ 2022-04-19 15:52 九叶草阅读(1010) 评论(0) 推荐(0) 编辑