3Dslicer_Editor（1）
一、模块简介
这是一个手动分割Volumes体的模块，分割（（名词）Segmentations）也被称为轮廓线，勾画出了感兴趣的组织结构。这个模块中的一些工具模仿了象Photoshop和gimp的绘制界面，但是这些工具是工作在三维体素的数组下，而不是像Photoshop一样工作在二维像素模式下。
这个模块是用来操作产生label map volumes的。每一个slice viewer窗口都可以来进行独立的操作，尽管通常情况下所有的slice viewer窗口都应用有相同的背景和label层。无论哪一个label map volume被所选中作为label层，它将作为该editor模块所有editor effects的目标。任何的scalar volume可以被应用为背景层。例如，你想依靠一个高分辨率的结构扫描来创建一个label map volume，你可以看着一个低分辨率的扩散扫描 来进行编辑。
术语：
- Label Map Volume 是一个三维的标量体节点（ 3D scalar volume node），其每一个体素的值为一个数字（number ）表明了在该位置的组织类型。一个label volume通常与一个颜色节点（Color Node）相关联，将体素的数字值映射为颜色和文本串。
- Slice Viewer指红黄绿显示窗口，这些窗口在slicer的界面上显示volume的不同方向切片。
- Effect 指在该模块编辑工具盒（the editor tool box）中的任何编辑工具（editor tools）。
- Labeler 是effect 中的一种类型，用来修改现在的 label map。 labelers有一套共有的的控制选项。
二、应用案例
这个模块的总体目标就是让使用者们可以高效精确地以label map volumes的形式定义他们的Volume中的各种结构组织，这些label map可以被用来：
- 外科/放射治疗规划
- 手术中的导航
- Volume和形状分析
- 3D打印
- 更进一步的处理应用（例如，使用 Label Statistics 模块做统计学分析处理）
label maps既可以通过Editor模块本身来产生和定义，你也可以使用其他模块输出的label map volume作为Editor模块进行编辑的基础。
三、教程
Slicer 4.8 Training提供了若干个依赖于Editor模块功能的应用实例。
四、面板和它们的用法
- 单个label map
一个典型的简单直接的Editor模块工作流程由以下的几步所组成：
- 加载一个Volume
- 使用工具条或者模块菜单按钮进入Editor模块
- 你将会被提示选择一个颜色表，用来进行下面的编辑（选取一个包含了你想要创建的组织结构的颜色表节点，如果没有合适的颜色表可取，你也可以选择使用Colors Module模块来定制专门的颜色表节点）
- 点击颜色表对话框上面的apply按钮将会根据你进入该Editor模块时红色slice viewer的背景体创建一个新的label map volume，新建的label map volume与该背景体拥有相同的维度大小，方向和间距。但是新建label map volume的所有体素值会被初始化为0，并且它也会拥有'Label Map'的属性集。
- 当label map volume选中了之后，该模块的edit工具框架将会自动展开，你可以使用所有的 Editor Effects 来定义你的组织结构。
注意：如果你已经从先前一些编辑步骤的结果中获得了一个label map volume，它将会在你进入该Editor模块时被自动选择（换言之，在使用完一些其他的Segmentation Modules之后，你将会被安排接下来对选择的label map使用手动编辑）。你可以使用Set选项来选中这个label map，而不是默认的label map。
注意：在红色的slice viewer中设置的背景层和label map层是用来决定将要编辑的volumes。在Editor模块中，背景层的灰度volume是作为"Master Volume"，因为它是用来作为该模块各种工具（例如Threshold Paint）的输入，label map层的volume是作为"Merge Volume" ，因为它包含了多个组织结构的信息。（查看下面的部分获取如何分裂和重新合并 Merge Volume的信息，用来编辑个人组织结构（individual structures））
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Per-Structure Volumes（各结构体）
在尝试使用多Label Map工具之前，请先使你自己熟悉单Label Map的方法。
像 Threshold effect工具，它是在整个volume上操作的工具，使用这类工具，这种方法可以被用来独立工作于单个组织结构下。为了获取这种功能，通过点击Per-Structure Volumes盒右边的下向三角形打开各结构体（Per-Structure Volumes）界面。
1.开始于一个现成的Merge Volume，它包含了所有感兴趣的组织结构
如果你已经开始在editor模块中用不同的label值定义了个人的组织结构（individual structures），或者你使用像Otsu Segmentation模块一样的其他方法产生了一个label map，那么你可以使用Split Merge Volume按钮为 Merge Volume中每一个独特的label值都创建一个新的volume。
如果你是从头开始的，你可以使用Add Structure按钮来定义新的label volumes。Add Structure后会提示你选择一个label值，这个label值依据于你先前在Merge Volume创建时选择的颜色表。新创建的组织结构label Volume 将会自动被选来进行编辑。
2.你可以在 Per-Structure Volumes列表盒中点击不同的组织结构来选择当前用于编辑的label map volume（所以你可以很简单的在不同的 Structure Volumes进行切换编辑）
3.在定义完个人所有的组织结构之后，你可以使用Merge All按钮来将列表中所有的Structure Volumes合并到Merge Volume中。
小提示：如果组织结构有发生覆盖的情况，可以通过使用Order列来定义在合并过程中组织结构的优先级。
4.使用Merge And Build按钮，来从merged volume中创建一系列的模型。
这种方法在创建模型的过程中使用了Model Maker Module中的Joint Smoothing选项，创建了watertight models。
小提示：你可以使用Model Maker Module来手动操作其他的创建参数。
5.Delete Structures按钮将会从场景中移除所有的 Per-Structure Volumes，如果你仅仅想要移除单个的volume，可以使用Data Module。
如果你已经转载了Reporting Extension，你便可以将各个组织结构输出为DICOM Segmentation (SEG)格式，并且它们将会在DICOM Module中表现为一个对应study的series。
参考：
https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.8/Modules/Editor
