2024年5月22日

Mac install omicverse second time

摘要： 安装老版本的omicverse后发现scvelo module缺少， 再单独安装scvelo，更新了一些包后ov不能用了，于是重新安装！幸好mac的conda安装非常友好 按照安装文档https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Installation_gu 阅读全文

posted @ 2024-05-22 15:16 魔法老头 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年5月21日

MacBook安装omicverse

摘要： 1)根据one click部分安装 conda create -n omicverse python=3.10 conda activate omicverse conda install mamba -c conda-forge mamba install jax jaxlib -c conda- 阅读全文

posted @ 2024-05-21 21:42 魔法老头 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年5月7日

windows 环境下python和R的交互

摘要： Rstudio调用Python模块： 0.查看python路径 sessionInfo() 指定python路径 library(reticulate) #R使用python的工具 path_to_python <- "D:/python" use_python(path_to_python) re 阅读全文

posted @ 2024-05-07 21:29 魔法老头 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑

windows安装cellchat

摘要： 检查包位置 .libPaths('D:/R/R-4.3.1/library') 确认R版本和包路径一致 用R=4.3.1 下载https://github.com/jinworks/CellChat 安装cellchat前根据说明安装依赖 https://github.com/jinworks/Ce 阅读全文

posted @ 2024-05-07 17:01 魔法老头 阅读(214) 评论(0) 推荐(0) 编辑

cellchat安装问题

摘要： 运行 linux安装踩坑失败，留个痕迹 install -c bioconda bioconductor-biobase=2.54.0 -y 报错 led with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environ 阅读全文

posted @ 2024-05-07 16:59 魔法老头 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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