nkwy2012

2017年8月7日

ensemble github强大的下载安装功能--ensembl-git-tools

摘要： ensembl-git-tools 阅读全文

posted @ 2017-08-07 14:53 nkwy2012 阅读(335) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要：非root权限安装perl 在使用Linux或是unix时，perl是一个非常有用的脚本的语言。关于perl的模块安装，网上也有很多介绍，一方面可以通过不同套件自带的软件安装工具安装，一方面可以通过cpan安装，再者就是可以直接编译源代码。这样，对于拥有root权限的用户来说，没有任何问题，可是阅读全文

posted @ 2017-08-07 14:44 nkwy2012 阅读(2350) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux下安装与使用本地的perl模块

摘要：转自 http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2012/08/23/2652806.html Linux下安装与使用本地的perl模块在使用Linux或是unix时，perl是一个非常有用的脚本的语言。关于perl的模块安装，网上也有很多介绍，一方面阅读全文

posted @ 2017-08-07 14:42 nkwy2012 阅读(1112) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年8月3日

MATLAB 2014a (8.3) Compiler Runtime （MCR）

摘要：在安装的时候可以 ./install -H 界面化安装到自己目录下 MATLAB 2014a (8.3) Runtime Compiler (MCR) Errors when trying to launch deployed (using deploy tool) application in U 阅读全文

posted @ 2017-08-03 16:12 nkwy2012 阅读(1667) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年7月28日

GEO--工具 ScanGEO

摘要： http://scangeo.dartmouth.edu/ScanGEO/ ScanGEO - parallel mining of high-throughput gene expression data 阅读全文

posted @ 2017-07-28 10:50 nkwy2012 阅读(367) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年7月27日

vcf2maf

摘要： 1、https://github.com/mskcc/vcf2maf 2、https://github.com/cbare/vcf2maf 阅读全文

posted @ 2017-07-27 15:22 nkwy2012 阅读(693) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年7月26日

RNAseq 流程

摘要： https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow 阅读全文

posted @ 2017-07-26 17:23 nkwy2012 阅读(193) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年7月20日

Oncotator--类似annovar

只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文

posted @ 2017-07-20 14:55 nkwy2012 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年7月17日

pathway一些网站

摘要： 1、BioCarta_Pathways https://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways 阅读全文

posted @ 2017-07-17 11:05 nkwy2012 阅读(413) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年7月16日

使用GEOquery下载GEO数据--转载

摘要：最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。首先假阅读全文

posted @ 2017-07-16 22:36 nkwy2012 阅读(3734) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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