nkwy2012

摘要： Hackl, H., Charoentong, P., Finotello, F., & Trajanoski, Z. (2016). Computational genomics tools for dissecting tumour-immune cell interactions. Natur 阅读全文

摘要： TCIA就是基于TCGA数据开发的，不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 看网站首页的介绍就知道，这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种，点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种，侧边的栏目则提供一些个性化选择。 01 Patients list模块 TCI 阅读全文

摘要： 在R语言进行数据分析时，经常需要找不同组间的相同和不同，那你应该掌握如下几个函数，让你事半功倍。 交集intersect两个向量的交集，集合可以是数字、字符串等 # 两个数值向量取交集intersect(x=1:4, y = 2:6)# [1] 2 3 4 # 两个字符向量取交集intersect( 阅读全文

摘要： 数据的清理 如同列夫托尔斯泰所说的那样：“幸福的家庭都是相似的，不幸的家庭各有各的不幸”，糟糕的恶心的数据各有各的糟糕之处，好的数据集都是相似的。一份好的，干净而整洁的数据至少包括以下几个要素： 1、每一个观测变量构成一列 2、每一个观测对象构成一行 3、每一个类型的观测单元构成一个表 就像我们最常 阅读全文

摘要： 在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据： TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样 阅读全文

摘要： 转载：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于 阅读全文

摘要： 环境设置函数为options()，用options()命令可以设置一些环境变量，使用help(options)可以查看详细的参数信息。 1. 数字位数的设置，options(digits=n)，n一般默认情况下是7位，但实际上的范围是1~22，可以随意设置位数。 2. 扩展包的安装，使用下面的命令， 阅读全文

摘要： 1 安装工具Bioc的软件包不能使用直接install.packages函数，它有自己的安装工具，使用下面的代码： source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite() 上面第二个语句将安装Bioconductor一些基础软件包，包括Bioc 阅读全文

摘要： 问题1:如何设置默认镜像 你希望下载某些R包，因此希望设定默认的CRAN网站镜像，这样R每次下载时不需要你选择镜像。 解决方案 该方案要求用户R系统中包含一个.Rprofile文件，如方法3.16描述的那样： 1.调用chooseCRANmirror函数： chooseCRANmirror() R会 阅读全文

摘要： 热休克蛋白90（HSP90）是细胞内一种普遍存在的、十分保守的以及有高度活性的蛋白质，它在肿瘤细胞内的含量要比正常细胞多。作为一种分子伴侣，HSP90协助不同种类的癌蛋白（即HSP90的服务蛋白）进行折叠并使之变得稳定、成熟，而HSP90的服务蛋白中拥有大量的诸如激酶和转录因子等信号转导分子，这些分 阅读全文