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摘要: conda的确是一个非常好的工具,对于初学者而言,安装软件就跟用XXX软件管理器一样方便。正因为他如此便利,以至于我介绍如何手动安装工具时,总有人问我为啥不用conda。 我用conda,并且用的很好。 下面解决一个非常有趣的conda安装工具后出现的动态库缺失的问题。这是我最近遇到的例子, $ s 阅读全文
posted @ 2018-05-03 16:34 nkwy2012 阅读(5330) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Python3 被越来越多的开发者所接受,同时让人尴尬的是很多遗留的老系统依旧运行在 Python2 的环境中,因此有时你不得不同时在两个版本中进行开发,调试。 如何在系统中同时共存 Python2 和 Python3 是开发者不得不面对的问题,一个利好的消息是,Anaconda 能完美解决Pyth 阅读全文
posted @ 2018-05-03 10:58 nkwy2012 阅读(352) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、nt和nr数据库 nt库和nr库大家都比较熟悉,一个核酸库,一个蛋白库,两者既可以通过NCBI进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将如下文件下载后,进行 本地BLAST。在此还是简单说明一下在线比对方法: 打开https://blast 阅读全文
posted @ 2018-04-07 22:23 nkwy2012 阅读(7926) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键 阅读全文
posted @ 2018-04-06 09:14 nkwy2012 阅读(8166) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1. Conda安装 如BioConda官网[1]所说,BioConda需要Conda安装环境,如果你使用过Anaconda python安装环境,那么你已经有了Conda安装环境,否则,最好的办法是安装Miniconda。 从Miniconda的官网上[2]下载最新版与你使用的系统对应的安装器,例 阅读全文
posted @ 2018-04-01 12:24 nkwy2012 阅读(1243) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法。 此外网上也会许多更好的关于biconda的教程,这里还是抛砖应用,提供一种除了编译源码和直接下载二进制文件外安装生信软件的一 阅读全文
posted @ 2018-04-01 10:01 nkwy2012 阅读(1069) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、wegen https://www.wegene.com/ 2、阅己基因 http://www.selfgene.com/ 阅读全文
posted @ 2018-03-26 14:09 nkwy2012 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: https://www.cnblogs.com/fanling999/p/5857122.html 一、相关性矩阵计算: [1] 加载数据: >data = read.csv("231-6057_2016-04-05-ZX_WD_2.csv",header=FALSE) 说明:csv格式的数据,he 阅读全文
posted @ 2018-03-26 13:18 nkwy2012 阅读(2229) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: > text <- c("we are the world", "we are the children") > sub("w", "W", text) [1] "We are the world" "We are the children" > sub("W","w",text) [1] "we 阅读全文
posted @ 2018-03-22 17:16 nkwy2012 阅读(23179) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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posted @ 2018-03-22 13:19 nkwy2012 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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