01 2019 档案

利用GSEA对基因表达数据做富集分析
摘要：image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically signi 阅读全文
posted @ 2019-01-12 09:26 nkwy2012 阅读(3108) 评论(0) 推荐(0) 编辑
TCGA一些数据库
摘要：最出名，http://www.cbioportal.org/ 特色：最基本的简单分析基因突变、共表达/共突变的基因，下载数据也可以，最常看的应该还是oncoPrint那个。 详细用法：TCGA数据库的数据怎么查？ 最方便，Ge-mini 特色：手机app，可随时查看，主要关注基因表达量的变化 详细用 阅读全文
posted @ 2019-01-11 15:24 nkwy2012 阅读(2604) 评论(0) 推荐(0) 编辑
计算基因组学工具解析肿瘤与免疫细胞的互作--转载
摘要：Hackl, H., Charoentong, P., Finotello, F., & Trajanoski, Z. (2016). Computational genomics tools for dissecting tumour-immune cell interactions. Natur 阅读全文
posted @ 2019-01-03 08:38 nkwy2012 阅读(1902) 评论(0) 推荐(0) 编辑
肿瘤数据库除了TCGA，还有TCIA--转载
摘要：TCIA就是基于TCGA数据开发的，不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 看网站首页的介绍就知道，这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种，点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种，侧边的栏目则提供一些个性化选择。 01 Patients list模块 TCI 阅读全文
posted @ 2019-01-03 08:15 nkwy2012 阅读(2576) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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