06 2018 档案
摘要：生存分析与R 生存分析是将事件的结果和出现这一结果所经历的时间结合起来分析的一类统计分析方法。不仅考虑事件是否出现，而且还考虑事件出现的时间长短，因此这类方法也被称为事件时间分析（time-to-event analysis）。生存分析是医学领域中一个重要的内容，在肿瘤等疾病的研究中运用十分广泛。
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摘要：什么是置信区间 置信区间又称估计区间，是用来估计参数的取值范围的。常见的52%-64%，或8-12，就是置信区间（估计区间）。 置信区间的概述 1、对于具有特定的发生概率的随机变量，其特定的价值区间：一个确定的数值范围（“一个区间”）。 2、在一定置信水平时，以测量结果为中心，包括总体均值在内的可信
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摘要：生存分析指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断，研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法，也称生存率分析或存活率分析。常用于肿瘤等疾病的标志物筛选、疗效及预后的考核。 简单地说，比较两组或多组人群随着时间的延续，存活个体的比例变化趋势。活着的个体越少的组危险性越
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摘要：常用的正常和异常染色体的命名、缩写和符号（ISCN，1978）如下： A-G成 染色体组； 1-22 常染色体序号； X，Y 性染色体； / 用于分开嵌合体不同的细胞系； +，二 放在常染色体号或组的符号之前时，表示整个染色体的增加或丢失；放在染色体壁、结构或其它符号之后时，表示染色体长度的增加或减
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摘要：1、背景简介 在数据分析工作中，经常需要对原始的数据集进行清洗、整理以及变换。常用的数据整理与变换工作主要包括：特定分析变量的选取、满足条件的数据记录的筛选、按某一个或几个变量排序、对原始变量进行加工处理并生成新的变量、对数据进行汇总以及分组汇总，比如计算各组的平均值等。 其实，上述的数据处理与变换
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摘要：当我们想研究不同sample的某个变量A之间的差异时，往往会因为其它一些变量B对该变量的固有影响，而影响不同sample变量A的比较，这个时候需要对sample变量A进行标准化之后才能进行比较。标准化的方法是对sample 的 A变量和B变量进行loess回归，拟合变量A关于变量B的函数 f(b)，
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摘要：在linux中，通常用命令行打开文本文件，比如用命令gedit、more、cat、vim、less。但当需要打开其他格式文件时，比如pdf、jpg、mp3格式文件，咱们通常做法是进入到文件所在的目录，双击打开，很影响效率。事实上，可以通过命令xdg-open(opens a file or URL
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摘要：vcf文件的全称是variant call file，即突变识别文件，它是基因组工作流程中产生的一种文件，保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析，可以得到个体的变异信息。嗯，总之，这是很重要的文件，所以怎么处理它也显得十分重要。它的文件信息如下： 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行
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摘要：一、IFS 介绍 Shell 脚本中有个变量叫 IFS(Internal Field Seprator) ，内部域分隔符。完整定义是The shell uses the value stored in IFS, which is the space, tab, and newline charact
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摘要：命令：let let 命令是 BASH 中用于计算的工具，用于执行一个或多个表达式，变量计算中不需要加上 $ 来表示变量。如果表达式中包含了空格或其他特殊字符，则必须引起来。 语法格式 参数说明： arg：要执行的表达式 实例： 自加操作：let no++ 自减操作：let no-- 简写形式 le
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摘要：$hash{"A"}=["pp"];想变成：$hash{"A"}=["p","q"];因为 $hash{'A'} 是个 arrayref 所以 push 的时候需要解引用 push @{$hash{'A'}}, 'q';
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摘要：http://www.runoob.com/perl/perl-cgi-programming.html 什么是CGI CGI 目前由NCSA维护，NCSA定义CGI如下： CGI(Common Gateway Interface),通用网关接口,它是一段程序,运行在服务器上如：HTTP服务器，提供
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摘要：本文和大家重点讨论一下Perl关联数组的概念，创建Perl关联数组，从数组变量复制到Perl关联数组，元素的增删，用Perl关联数组循环等内容，相信通过本文的学习你对Perl关联数组的用法一定会有深刻的认识。 Perl关联数组 一、创建Perl关联数组 可以用单个赋值语句创建Perl关联数组，如：%
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摘要：打开管道文件 Linux提供了管道机制，可以方便应用程序之间的数据传递。在Perl中，扣开和使用管道可采用如下形式的open函数： open(Filehandle,”丨 CMD”); 其中，CMD为数据接收方应用程序。比如，可以用管道的方式，向邮件程序发送信息，然后邮件程序会把收到的信息作为邮件发送
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摘要：linux 发邮件最简单的办法 最近想通过linux监控系统状况并自动报警，一般Linux发送报警邮件通过本地邮箱或外部邮箱服务器，这里用最简单的方法实现linux 使用外部邮箱即可实现发送邮件功能，你只需简单注册个国内的邮件服务商邮箱，如163，也可以使用公司邮箱，需要安装mailx工具，mail
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摘要：mail命令是命令行的电子邮件发送和接收工具。操作的界面不像elm或pine那么容易使用，但功能非常完整。 语法 选项 参数 邮件地址：收信人的电子邮箱地址。 实例 直接使用shell当编辑器 第一行是输入的命令，-s表示邮件的主题，后面的admin@linuxde.net则是邮件的接收人，输入完这
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摘要：SMTP是发送邮件的协议，Python内置对SMTP的支持，可以发送纯文本邮件、HTML邮件以及带附件的邮件。 Python对SMTP支持有smtplib和email两个模块，email负责构造邮件，smtplib负责发送邮件。 首先，我们来构造一个最简单的纯文本邮件： 注意到构造MIMEText对
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摘要：SMTP（Simple Mail Transfer Protocol）即简单邮件传输协议,它是一组用于由源地址到目的地址传送邮件的规则，由它来控制信件的中转方式。 python的smtplib提供了一种很方便的途径发送电子邮件。它对smtp协议进行了简单的封装。 Python创建 SMTP 对象语法
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摘要：echo -n 不换行输出 1 2 1 2 3 4 5 6 echo -e 处理特殊字符 若字符串中出现以下字符，则特别加以处理，而不会将它当成一般文字输出： \a 发出警告声； \b 删除前一个字符； \c 最后不加上换行符号； \f 换行但光标仍旧停留在原来的位置； \n 换行且光标移至行首；
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摘要：最近看到好几次群里有人问xlwt、wlrd的问题，怎么说呢，如果是office2007刚出来，大家用xlsx文件用不习惯，还可以理解，这都10年过去了喂，就算没有进化到office2016，还在用office2003的有点说不过去吧。有人可以用xlsx保存为xls啊！——故意多做几步操作，目的呢？为
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摘要：snakemake是一个用来编写任务流程的工具，用python编写的，因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂，易于理解。 一、从一个简单的例子开始 1、安装snakemake 安装snakemake的方法有多种，snakemake官方推荐的是conda，安装方法如下： conda install -c
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摘要：cut 文件内容查看 显示行中的指定部分，删除文件中指定字段 显示文件的内容，类似于下的type命令。 说明 该命令有两项功能，其一是用来显示文件的内容，它依次读取由参数file所指明的文件，将它们的内容输出到标准输出上；其二是连接两个或多个文件，如cut fl f2 > f3将把文件fl和几的内容
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摘要：nl命令在linux系统中用来计算文件中行号。nl 可以将输出的文件内容自动的加上行号！其默认的结果与 cat -n 有点不太一样， nl 可以将行号做比较多的显示设计，包括位数与是否自动补齐 0 等等的功能。 1．命令格式： nl [选项]... [文件]... 2．命令参数： -b ：指定行号指
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摘要：Linux sed命令是利用script来处理文本文件。 sed可依照script的指令，来处理、编辑文本文件。 Sed主要用来自动编辑一个或多个文件；简化对文件的反复操作；编写转换程序等。 语法 参数说明： -e<script>或--expression=<script> 以选项中指定的scrip
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摘要：ead命令： read 命令从标准输入中读取一行，并把输入行的每个字段的值指定给 shell 变量 1）read后面的变量var可以只有一个，也可以有多个，这时如果输入多个数据，则第一个数据给第一个变量，第二个数据给第二个变量，如果输入数据个数过多，则最后所有的值都给最后一个变量 -p read –
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摘要：引言 在Linux平台上工作，我们经常需要使用shell来编写一些有用、有意义的脚本程序。有时，会经常使用shell数组。那么，shell中的数组是怎么表现的呢，又是怎么定义的呢？接下来逐一的进行讲解，shell中的数组。 数组的定义 何为数组？学过计算机编程语言的同学都知道，数组的特性就是一组数据
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摘要：技巧小结： 字符串比较用双中括号[[ ]]；算数比较用单中括号[ ]——左右留空格 算数运算用双小括号(( )) ；shell命令及输出用小括号( )——左右不留空格 快速替换用花括号{ }——左右留空格 反单引号起着命令替换的作用` ` 单括号()： 另开命令组——小括号中的内容会开启一个子she
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摘要：假设我们定义了一个变量为：file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 可以用${ }分别替换得到不同的值：${file#*/}：删掉第一个/ 及其左边的字符串：dir1/dir2/dir3/my.file.txt${file##*/}：删掉最后一个/ 及其左边的字符串：my.f
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摘要：hostname命令用于显示和设置系统的主机名称。环境变量HOSTNAME也保存了当前的主机名。在使用hostname命令设置主机名后，系统并不会永久保存新的主机名，重新启动机器之后还是原来的主机名。如果需要永久修改主机名，需要同时修改/etc/hosts和/etc/sysconfig/networ
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