04 2018 档案

摘要:一、nt和nr数据库 nt库和nr库大家都比较熟悉,一个核酸库,一个蛋白库,两者既可以通过NCBI进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将如下文件下载后,进行 本地BLAST。在此还是简单说明一下在线比对方法: 打开https://blast 阅读全文
posted @ 2018-04-07 22:23 nkwy2012 阅读(8108) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键 阅读全文
posted @ 2018-04-06 09:14 nkwy2012 阅读(8932) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1. Conda安装 如BioConda官网[1]所说,BioConda需要Conda安装环境,如果你使用过Anaconda python安装环境,那么你已经有了Conda安装环境,否则,最好的办法是安装Miniconda。 从Miniconda的官网上[2]下载最新版与你使用的系统对应的安装器,例 阅读全文
posted @ 2018-04-01 12:24 nkwy2012 阅读(1256) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法。 此外网上也会许多更好的关于biconda的教程,这里还是抛砖应用,提供一种除了编译源码和直接下载二进制文件外安装生信软件的一 阅读全文
posted @ 2018-04-01 10:01 nkwy2012 阅读(1079) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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