09 2017 档案
摘要：
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摘要：在R中，和排序相关的函数主要有三个：sort()，rank()，order()。 sort(x)是对向量x进行排序，返回值排序后的数值向量。rank()是求秩的函数，它的返回值是这个向量中对应元素的“排名”。而order()的返回值是对应“排名”的元素所在向量中的位置。 下面以一小段R代码来举例说明
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摘要：凡是和数据无关的图形设置内容理论上都可以归为主题类，但考虑到一些内容（如坐标轴）的特殊性，可以允许例外的情况。主题的设置相当繁琐，很容易就占用了 大量的作图时间，应尽量把这些东西简化，把注意力主要放在数据分析上。基于这种考虑，ggplot2主题设置的内容虽然相当多，本文仅在总体上作一简单介 绍。 1
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摘要：melt()函数melt为熔化、溶解的意思，此处可理解为扔进去一个东西，出来另外一个本质一样但形状不一样的东西。语法结构：melt(data, ..., na.rm = FALSE, value.name = "value")其中：data可以是数据框、数组或列表，melt()函数会根据数据类型选择
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摘要：今天查了一下R语言中set.seed()，该命令的作用是设定生成随机数的种子，种子是为了让结果具有重复性。如果不设定种子，生成的随机数无法重现。 set.seed()用于设定随机数种子，一个特定的种子可以产生一个特定的伪随机序列，这个函数的主要目的，是让你的模拟能够可重复出现，因为很多时候我们需要取
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摘要：今天介绍一些运算函数，它们的使用很简单，没有什么难度，但是也会用的着。 在医学统计学或者流行病学里的现场调查、样本选择经常会提到一个词：随机抽样。随机抽样是为了保证各比较组之间均衡性的一个很重要的方法。那么今天介绍的第一个函数就是用于抽样的函数sample： > x=1:10 > sample(x=
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摘要：R的包（package）通常有两种：1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。.libPaths()：查看
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摘要：linux 下用find命令查找文件，rm命令删除文件。 删除指定目录下指定文件find 要查找的目录名 -name .svn |xargs rm -rf 删除指定名称的文件或文件夹: find -type d | grep .svn$ | xargs rm -r 分析：find -type d |
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摘要：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/metagenomeFeatures/inst/doc/Example_16S_Annotation_Workflow.html
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摘要：摘自 方匡南 等编著《R数据分析-方法与案例详解》.电子工业出版社R包简介R包提供了一个加载所需代码、数据和文件的集合。R软件自身就包含大约30种不同功能的包，这些基本包提供了R软件的基本功能。与此同时，R作为一个开源软件，它提供了各种统计计算函数，从而方便使用者能够灵活机动的进行数据分析，甚至创造
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摘要：https://www.zhihu.com/question/24501195 节选： 看了这么多答案，觉得 Hadley Wickhamhad.co.nz 在R使用者的地位好高啊。其实我也觉得Hadley的每个包都很好用，尤其是CRAN - Package plyr（他写的包中，这个接触得比较晚，
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摘要：在用R语言做各种事物时，用户自定义函数是不可或缺的。这期来讲讲如何自定义R的function。首先要介绍的是function的基本框架： 1 2 3 4 函数名称为myfunction arg1，arg2 为参数 statements 为函数语句 return(object)返回结果 两个例子 例子
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摘要：我们趋势分析的方法，其实参照一款非常有名软件STEM（Short Time-series Expression Miner，下载地址：http://www.sb.cs.cmu.edu/stem/）。这个软件的主要用途就是针对时间顺序取样的表达量数据进行聚类，分析其表达模式。如果你使用我们的趋势分析工
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摘要：http://blog.sciencenet.cn/blog-2985160-948631.html 我们在做人类全基因组分析的时候，经常需要找出基因组中所有基因的转录起始位点（Transcription Start Site, TSS），利用R/Bioconductor很容易做到。 用到一个包 H
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摘要：awk 字符串处理函数 awk提供了许多强大的字符串函数，见下表：awk内置字符串函数gsub(r,s) 在整个$0中用s替代rgsub(r,s,t) 在整个t中用s替代rindex(s,t) 返回s中字符串t的第一位置length(s) 返回s长度match(s,r) 测试s是否包含匹配r的字符串
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摘要：下面用实例来说明这两个函数的作用： 这是一个数据框final： gene hsap mmul mmus rnor cfam 1 ENSG00000208234 0 NA NA NA NA 2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2 3 ENSG00000221622 0 NA NA NA
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