07 2017 档案

GEO--工具 ScanGEO
摘要：http://scangeo.dartmouth.edu/ScanGEO/ ScanGEO - parallel mining of high-throughput gene expression data 阅读全文
posted @ 2017-07-28 10:50 nkwy2012 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑
vcf2maf
摘要：1、https://github.com/mskcc/vcf2maf 2、https://github.com/cbare/vcf2maf 阅读全文
posted @ 2017-07-27 15:22 nkwy2012 阅读(694) 评论(0) 推荐(0) 编辑
RNAseq 流程
摘要：https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow 阅读全文
posted @ 2017-07-26 17:23 nkwy2012 阅读(196) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Oncotator--类似annovar
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posted @ 2017-07-20 14:55 nkwy2012 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
pathway一些网站
摘要：1、BioCarta_Pathways https://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways 阅读全文
posted @ 2017-07-17 11:05 nkwy2012 阅读(416) 评论(0) 推荐(0) 编辑
使用GEOquery下载GEO数据--转载
摘要：最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。 首先假 阅读全文
posted @ 2017-07-16 22:36 nkwy2012 阅读(3779) 评论(0) 推荐(0) 编辑
TCGA学习1--下载level3 level4数据
摘要：1、使用firehose_get 下载level3 level4数据 https://confluence.broadinstitute.org/display/GDAC/Download example: firehose_get analyses latestRetrieves: every r 阅读全文
posted @ 2017-07-13 14:21 nkwy2012 阅读(974) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64) --转载
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posted @ 2017-07-13 09:24 nkwy2012 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
利用TCGA挖掘数据发表文章中的图表--转载自易小蟹说统计
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posted @ 2017-07-12 14:41 nkwy2012 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
TCGA数据库下载数据--转载2014
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posted @ 2017-07-11 17:36 nkwy2012 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
关于TCGA（癌症基因组数据集）的下载--转载
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posted @ 2017-07-11 17:29 nkwy2012 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
mygene 3.0.0
摘要：MyGene.Info provides simple-to-use REST web services to query/retrieve gene annotation data. It’s designed with simplicity and performance emphasized. 阅读全文
posted @ 2017-07-07 12:58 nkwy2012 阅读(237) 评论(0) 推荐(0) 编辑
重器--biomart
摘要：biomart 重器 biomaRt工具包的作用在于它可以轻松地完成的在多个生物学数据库上繁琐地检索，获取相关数据在不同数据库间的关联。 阅读全文
posted @ 2017-07-07 11:26 nkwy2012 阅读(113) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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