03 2017 档案

摘要:Python中字符串自带的split方法一次只能使用一个字符对字符串进行分割,但是python的正则模块则可以实现多个字符分割 1 2 1 2 返回的是一个列表(list),输出结果如下: 阅读全文
posted @ 2017-03-29 16:00 nkwy2012 阅读(20184) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:描述 Python isspace() 方法检测字符串是否只由空格组成。 语法 isspace()方法语法: 参数 无。 返回值 如果字符串中只包含空格,则返回 True,否则返回 False. 实例 以下实例展示了isspace()方法的实例: 以上实例输出结果如下: 阅读全文
posted @ 2017-03-29 14:09 nkwy2012 阅读(314) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:作者:Lingfeng Ai链接:https://www.zhihu.com/question/245****83/answer/924****71来源:知乎 这又是一个 Awesome XXX 系列的资源整理,由 vinta 发起和维护。内容包括:Web框架、网络爬虫、网络内容提取、模板引擎、数据 阅读全文
posted @ 2017-03-23 17:26 nkwy2012 阅读(1989) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:英文文档: callable(object) Return True if the object argument appears callable, False if not. If this returns true, it is still possible that a call fails 阅读全文
posted @ 2017-03-22 10:03 nkwy2012 阅读(178) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:hasattr(object, name)判断一个对象里面是否有name属性或者name方法,返回BOOL值,有name特性返回True, 否则返回False。需要注意的是name要用括号括起来 1 >>> class test(): 2 ... name="xiaohua" 3 ... def r 阅读全文
posted @ 2017-03-22 10:00 nkwy2012 阅读(166) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:使用assert断言是学习python一个非常好的习惯,python assert 断言句语格式及用法很简单。在没完善一个程序之前,我们不知道程序在哪里会出错,与其让它在运行最崩溃,不如在出现错误条件时就崩溃,这时候就需要assert断言的帮助。本文主要是讲assert断言的基础知识。 python 阅读全文
posted @ 2017-03-22 09:25 nkwy2012 阅读(2789) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:TPNB500103:79:HJ2Y3AFXX:2:21107:20918:12984 129 chr2 29447970 60 70M6S = 42526843 13078874 ACAGGAGCTGCGCCGGTGGAAGCATGTGGGAGCTAGAAGTGACGTCTAGGGGTGGGGGC 阅读全文
posted @ 2017-03-21 11:03 nkwy2012 阅读(398) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:转:http://blog.csdn.net/songyang516/article/details/6758256 1重定向 1.1 重定向符号> 输出重定向到一个文件或设备 覆盖原来的文件>! 输出重定向到一个文件或设备 强制覆盖原来的文件>> 输出重定向到一个文件或设备 追加原来的文件< 输入 阅读全文
posted @ 2017-03-17 10:07 nkwy2012 阅读(210) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://www.cogonline.com/Article/zyyd/yjsj/144070515.html Desheng Liang,* Ying Peng,* Weigang Lv,* Linbei Deng,* Yanghui Zhang,* Haoxian Li,* Pu Yang, 阅读全文
posted @ 2017-03-16 17:31 nkwy2012 阅读(9108) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools、picard、vcftoo 阅读全文
posted @ 2017-03-16 10:19 nkwy2012 阅读(3545) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://www.biostars.org/p/8318/ I want to have an estimate of how many reads in a SAM file are mapped to the reference I'm using. I used samtools vie 阅读全文
posted @ 2017-03-16 09:30 nkwy2012 编辑
摘要:【背景】 Python中的正则表达式方面的功能,很强大。 其中就包括re.sub,实现正则的替换。 功能很强大,所以导致用法稍微有点复杂。 所以当遇到稍微复杂的用法时候,就容易犯错。 所以此处,总结一下,在使用re.sub的时候,需要注意的一些事情。 解释具体的注意事项之前,先把其具体的解释贴出来: 阅读全文
posted @ 2017-03-14 15:36 nkwy2012 阅读(89646) 评论(2) 推荐(8) 编辑
摘要:在介绍yield前有必要先说明下Python中的迭代器(iterator)和生成器(constructor)。 一、迭代器(iterator) 在Python中,for循环可以用于Python中的任何类型,包括列表、元祖等等,实际上,for循环可用于任何“可迭代对象”,这其实就是迭代器 迭代器是一个 阅读全文
posted @ 2017-03-14 14:54 nkwy2012 阅读(291) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://blog.csdn.net/cashey1991/article/details/7001385 @1.首先从下面这个菜单打开工程panel @2.在工程panel的“Workspace”上右击: Add New Project 并命名后,可以在新的工程上右击,添加文件,有多种添加方式 阅读全文
posted @ 2017-03-14 08:48 nkwy2012 阅读(748) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:描述 Python join() 方法用于将序列中的元素以指定的字符连接生成一个新的字符串。 语法 join()方法语法: 参数 sequence -- 要连接的元素序列。 返回值 返回通过指定字符连接序列中元素后生成的新字符串。 实例 以下实例展示了join()的使用方法: 以上实例输出结果如下: 阅读全文
posted @ 2017-03-13 10:42 nkwy2012 阅读(776) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:ALK FISH探针是FDA批准的用于检测肺癌患者中ALK重排的方法,这些患者可能受益于ALK激酶抑制剂。FISH测定在技术上可能具有挑战性并且难以解释。已经有研究者提出以ALK免疫组织化学和下一代测序作为替代方法。在本研究中,我们比较了各种ALK-FISH模式与下一代测序(NGS)针对基因融合的检 阅读全文
posted @ 2017-03-08 08:57 nkwy2012 阅读(3140) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://www.360doc.com/content/16/1210/15/29483982_613555220.shtml 阅读全文
posted @ 2017-03-08 08:55 nkwy2012 阅读(447) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:导读: ALK融合是非小细胞肺癌的关键驱动机制之一,在NSCLC患者中发生的频率约为3-7%。针对ALK融合的抑制剂克唑替尼、色瑞替尼以及Alectinib在治疗ALK融合阳性的NSCLC患者中都取得了巨大成功,而ALK融合检测是靶向ALK治疗的前提。 1.传统ALK检测技术的特点及不足之处 目前对 阅读全文
posted @ 2017-03-08 08:52 nkwy2012 阅读(10750) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:近两年来,基因检测市场的火爆有目共睹。继2015年美国宣布精准医疗计划后,中国也出台了精准医疗的系列政策,推动其发展。遗传疾病、慢性疾病和肿瘤的预警、干预和治疗都是精准医疗的目标,这也为基因检测提供了广阔的市场空间。据预测,未来五年基因检测市场规模将达百亿级。 目前市场中的基因检测公司大致可以分为两 阅读全文
posted @ 2017-03-08 08:46 nkwy2012 阅读(2272) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:融合基因(Fusion gene)是指两个基因的全部或一部分的序列相互融合为一个新的基因的过程。其有可能是染色体易位、中间缺失或染色体倒置所致的结果。 异常的融合基因可以引起恶性血液疾病以及肿瘤。例如典型的EML4-ALK BCR-ABL融合基因可以导致白血病,此外还有在前列腺癌症里面经常被发现的T 阅读全文
posted @ 2017-03-08 08:44 nkwy2012 阅读(869) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:edu.codepub.com/2009/1029/17037.php 这个问题在python3.0里已经解决了。 这有篇很好的文章,可以明白这个问题: 为什么会报错“UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in posit 阅读全文
posted @ 2017-03-06 14:17 nkwy2012 阅读(673) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前段时间,一朋友让我做个小脚本,抓一下某C2C商城上竞争对手的销售/价格数据,好让他可以实时调整自己的营销策略。自己之前也有过写爬虫抓某宝数据的经历,实现的问题不大,于是就答应了。初步想法是利用pyhton中的urllib.request和re两个lib(本文示例用的是Pyhton 3.4 ,2.x 阅读全文
posted @ 2017-03-06 13:31 nkwy2012 阅读(289) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前段时间,一朋友让我做个小脚本,抓一下某C2C商城上竞争对手的销售/价格数据,好让他可以实时调整自己的营销策略。自己之前也有过写爬虫抓某宝数据的经历,实现的问题不大,于是就答应了。初步想法是利用pyhton中的urllib.request和re两个lib(本文示例用的是Pyhton 3.4 ,2.x 阅读全文
posted @ 2017-03-06 13:31 nkwy2012 阅读(200) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:究其因 1. 正则表达式中的三组括号把匹配结果分成三组 group() 同group(0)就是匹配正则表达式整体结果 group(1) 列出第一个括号匹配部分,group(2) 列出第二个括号匹配部分,group(3) 列出第三个括号匹配部分。 2. 没有匹配成功的,re.search()返回Non 阅读全文
posted @ 2017-03-06 09:35 nkwy2012 阅读(205) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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