01 2017 档案
摘要：http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的exom
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摘要：[plain] view plain copy [plain] view plain copy 解释：-nH：不创建以主机名命名的目录。–cut-dirs：希望去掉原来的目录层数，从根目录开始计算。如果想完全保留FTP原有的目录结构，则不要加该参数。-m：下载所有子目录并且保留目录结构。–ftp-u
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摘要：Linux和Windows文本文件的行结束标志不同。在Linux中，文本文件用"/n"表示回车换行，而Windows用"/r/n"表示回车换行。有时候在Windows编写shell脚本时需要注意这个，否则shell脚本会报"No such file or directory"或"command no
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摘要：http://support.illumina.com/help/BaseSpace_App_WGS_BWA_help/Content/Vault/Informatics/Sequencing_Analysis/Apps/swSEQ_mAPP_WGS_BWA_VCFEntries.htm
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摘要：awk是行处理器: 相比较屏幕处理的优点，在处理庞大文件时不会出现内存溢出或是处理缓慢的问题，通常用来格式化文本信息 awk处理过程: 依次对每一行进行处理，然后输出 awk命令形式: awk [-F|-f|-v] ‘BEGIN{} //{command1; command2} END{}’ fil
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摘要：Python中执行系统命令常见的几种方法 Python中执行系统命令常见的几种方法有： (1)os.system 例如： 例如： (3)使用模块subprocess 使用方法： 好处在于:运用对线程的控制和监控，将返回的结果赋于一变量，便于程序的处理。 如获取返回和输出: (4) 使用模块comma
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摘要：1，函数介绍 1.1.读取配置文件 -read(filename) 直接读取ini文件内容-sections() 得到所有的section，并以列表的形式返回-options(section) 得到该section的所有option-items(section) 得到该section的所有键值对-g
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摘要：add_argument:读入命令行参数，该调用有多个参数 ArgumentParser.add_argument(name or flags…[, action][, nargs][, const][, default][, type][, choices][, required][, help]
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摘要：os.path.abspath(path) #返回绝对路径 os.path.basename(path) #返回文件名 os.path.commonprefix(list) #返回list(多个路径)中，所有path共有的最长的路径。 os.path.dirname(path) #返回文件路径 os
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摘要：Python中下划线 完全解读 Python 用下划线作为变量前缀和后缀指定特殊变量 _xxx 不能用’from module import *’导入 __xxx__ 系统定义名字 __xxx 类中的私有变量名 核心风格：避免用下划线作为变量名的开始。 因为下划线对解释器有特殊的意义，而且是内建标识
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