12 2016 档案

摘要:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins。构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是ortholog 阅读全文
posted @ 2016-12-29 14:37 nkwy2012 阅读(4756) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在注释KEGG的时候,一直用到kaas,具体kaas是个什么东东,简单的总结一下吧。 KEGG是由日本人搞的一个代谢图,收录基因和基因组的数据库,数据库可以分为 3大部分,基因数据库, 化学分子物质数据库,以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库,在KEGG数据库中,有一个“专有 阅读全文
posted @ 2016-12-29 11:21 nkwy2012 阅读(3466) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:因为工作原因,需要经常在不同的服务器见进行文件传输,特别是大文件的传输,因此对linux下不同服务器间数据传输命令和工具进行了研究和总结。主要是rcp,scp,rsync,ftp,sftp,lftp,wget,curl。 rcprcp不是一种安全的的传输文件的方式,rcp通过rsh(rsh见下面)来 阅读全文
posted @ 2016-12-27 13:30 nkwy2012 阅读(521) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:因为工作原因,需要经常在不同的服务器见进行文件传输,特别是大文件的传输,因此对linux下不同服务器间数据传输命令和工具进行了研究和总结。主要是rcp,scp,rsync,ftp,sftp,lftp,wget,curl。 rcprcp不是一种安全的的传输文件的方式,rcp通过rsh(rsh见下面)来 阅读全文
posted @ 2016-12-27 13:29 nkwy2012 阅读(6328) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的“条件格式”--“色阶”功能可以制作热图(heatmap)。可选用Adobe Illustrator软件加工、美化之。 这里以Excel 阅读全文
posted @ 2016-12-23 16:39 nkwy2012 阅读(14812) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/signatures# 阅读全文
posted @ 2016-12-22 11:33 nkwy2012 阅读(271) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、annovar 很全面 http://annovar.openbioinformatics.org; 2、http://blog.goldenhelix.com/; 阅读全文
posted @ 2016-12-19 17:27 nkwy2012 阅读(176) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:LEfSe软件用于发现两组或两组以上的biomarker,主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。运行LEfSe软件主要分三大步骤:第一步:需要把普通的物种、基因等等的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结尾的文件第二步:这一步也是最关键的一步,统计 阅读全文
posted @ 2016-12-09 17:20 nkwy2012 阅读(6736) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:下面简要说一下Linux下非root用户安装软件的一般流程: 1. 获取源代码,一般是wget方式,ubuntu可以使用apt-get source来获取源代码。 2. 解压源代码,一般使用tar -zxvf xxx.tar.gz即可 3. 切换到解压后的目录,运行 ./configure。其选项可 阅读全文
posted @ 2016-12-08 17:23 nkwy2012 阅读(3802) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/ 阅读全文
posted @ 2016-12-02 14:48 nkwy2012 阅读(317) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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