胞外囊泡与外泌体数据库--转载

1.胞外囊泡数据库(EVpedia)

数据库链接:http://evpedia.info

     胞外囊泡的分泌是一种普遍的细胞活动这种活动的物种范围从单细胞生物（如古细菌；革兰氏阳性和革兰氏阴性菌）到复杂的多细胞生物体，这些信息表明胞外囊泡调节的细胞间通讯在进化上是保守的。胞外囊泡是一种球状脂质双分子层，平均直径20-1000nm，目前已知胞外囊泡含有多种生物活性分子包括蛋白质、脂质和核酸。EVpedia是一个原核和真核生物胞外囊泡的高通量数据综合数据库，该数据库提供原核生物、非哺乳类真核生物和哺乳动物囊泡成分（蛋白质、mRNA、miRNA、脂质）的高通量分析数据。除此之外，EVpedia还提供一款分析工具，可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析，以及通过直接同源鉴别比较囊泡数据。同时，胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。这个免费的EVpedia网络数据库(http://evpedia.info)可以作为刺激胞外囊泡研究进展的一个基本资料库，有助于阐明这些复杂的胞外细胞器的新的功能。

     该数据库由韩国项浦大学举办，2012年1月27日发布。截止到目前为止，该数据库已经更新至2015年2月，共包含高通量研究168例，高通量数据263个，分子数据172080个，文献6879篇，主要调查中3336人。

 

2.外泌体数据库(ExoCarta)

数据库链接:http://www.exocarta.org/

     外泌体是一类可以由多种细胞类型分泌的胞外囊泡，与其他胞外囊泡如核外颗粒体和凋亡小体不同，外泌体是内吞起源的。外泌体在疫苗、药物递送、细胞间通信的作用以及其作为生物标志物的一种可能来源以及引起了研究人员的极大兴趣，导致外泌体相关研究呈现井喷趋势。同时，多维度的数据库连续不断的产生，但直到这些数据被编辑并被生物医学研究者利用之前，很难有效利用这些数据潜在的价值。ExoCarta(http://www.exocarta.org)数据库是一个关于外泌体蛋白、RNA、脂质体的手工数据库，到目前为止，ExoCarta数据库主要整合来自于已经发表或尚未发表的文献资料的相关研究，自从2009年发布以来，该数据库已经被超过16000名独立研究人员使用。

     因此，我们将为大家讨论ExoCarta数据库用于外泌体研究以及该数据库对推动相关领域的生物医学研究人员直接在该数据库存取相关数据。

     外泌体是一种膜性囊泡结构，内吞起源，可在正常细胞和疾病细胞分泌作为信号传输的细胞器。最初研究于30余年之前，含有细胞的亚蛋白组，在多种体液中可检出。外泌体通过多泡核内体（MVBs）与细胞膜融合释放到细胞外，直径40-100nm，典型的外泌体在电镜下呈杯状结构，浮力密度为1.10-1.21g/ml，可在100000g离心力作用下沉积。外泌体可以包裹蛋白质、RNA、脂质，反映来源细胞的功能，具有分子信号或反映分泌细胞疾病信号足迹的功能。外泌体呈现典型的脂质双分子层结构，表明含有大量磷酯酰丝氨酸残基。在过去的5-7年，由于RNA包括mRNA和miRNA的检测，外泌体领域吸引了多领域的高度关注。外泌体调节的非选择性转运包括mRNA和miRNA到临近细胞促进了新一轮对外泌体的研究热情。

这些外泌体研究主要集中于三个方面：1，声称外泌体在细胞间信号传递的作用；2，作为疫苗或药物运输的载体；3，疾病标志物的可能来源。

     到目前为止，该数据库已经收录了286份研究，包含41860种蛋白条目，9769种蛋白质，4946种mRNA条目，3408种mRNA，2838种miRNA，1116种脂质条目