TCGA一些数据库
最出名,http://www.cbioportal.org/
特色:最基本的简单分析基因突变、共表达/共突变的基因,下载数据也可以,最常看的应该还是oncoPrint那个。
详细用法:TCGA数据库的数据怎么查?
最方便,Ge-mini
特色:手机app,可随时查看,主要关注基因表达量的变化
详细用法:装这个app,妈妈再不骂我捧着手机不干正事了
最细致,http://ualcan.path.uab.edu/index.html
特色:1. 对肿瘤样本做了很细很专业的分组subgroup,生存分析、表达量都可以选择更细的亚型或临床表型做对比。
2. 生存分析时,还能对比不同分期、性别、年龄、体重等临床特征。
最懒,http://www.oncolnc.org/
特色:mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析
Here you can link TCGA survival data to mRNA, miRNA, or lncRNA expression levels. To get started simply input either a Tier 3 TCGA mRNA, miRNA, or MiTranscriptome beta lncRNA.
详细用法:懒人怎么做肿瘤病人的生存分析?
最权威,https://portal.gdc.cancer.gov/
特色:TCGA官网上是这么介绍的:这是一个交互的数据系统,可以供研究者查找、下载、上传及分析癌症组学数据集包括TCGA的。
详细用法:数据库专题之TCGA
最人性化,http://www.firebrowse.org/,我经常会在这里下载数据。
特色:1. download everything with 1 command
2. 图形化显示一起发生突变的基因,还能在网页上交互式的改图
详细用法:TCGA数据库在线使用
最强大,http://xena.ucsc.edu/getting-started/
特色:把hub下载下来,体验不一样的TCGA。
Securely analyze and visualize your private functional genomics data set in the context of public and shared genomic/phenotypic data sets.
详细用法:UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)