随笔分类 - tumor analysis
摘要：Hackl, H., Charoentong, P., Finotello, F., & Trajanoski, Z. (2016). Computational genomics tools for dissecting tumour-immune cell interactions. Natur
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摘要：http://www.sohu.com/a/196984391_652735 经常有做临床研究的朋友问分子机制怎么做，今天正好与梦熊聊到这个话题，所以小张就简单谈一下对这个问题的理解。 个人认为，分子机制的研究总体来说分为5个层次： 1. 层次一：相关性；一般对应的文章分数在1-3分左右； 2. 层
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摘要：分子机制研究是大家最为头痛的主题，今天我们就来分享一下研究分子机制的经验和套路： （1）信号通路; （2）明星分子; （3）中心法则; （4）工具分子; （5）具体位点; （1）信号通路 信号通路千千万，找到一条是关键，通路关系太复杂，讲不清楚就完蛋！ 确定信号通路的方法有很多，特别是当我们已经把一
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摘要：转载自： http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1033567.html 在homo species物种，随着研究的深入，注释信息不断丰富 针对CpG Islands，目前也有了较为清楚的界定，它的查找过程： 1）https://genome.ucsc.edu/
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摘要：https://www.genenames.org/
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摘要：肿瘤的发生与免疫系统的功能密切相关。在免疫系统中，MHC(主要组织相容性复体,majorhistocompatibilitycomplex)是所有生物相容复合体抗原的一种统称。HLA(humanleucocyteantigen)就是人类的MHC基因，即人类白细胞抗原，位于6号染色体，它所在的区域是人
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摘要：肿瘤免疫治疗，实际上分为两大类。一种把肿瘤的特征“告诉”免疫细胞，让它们去定位，并造成杀伤；另一种是解除肿瘤对免疫的耐受/屏蔽作用，让免疫细胞重新认识肿瘤细胞，对肿瘤产生攻击(一般来说，肿瘤细胞会巧妙伪装，逃脱免疫的监视)。第一种情况，因为要利用机体自身的免疫细胞，因此，目前多为免疫细胞治疗；后一种
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摘要：近几年，免疫疗法的成功使癌症治疗进入了新的时代。无论是科研界，还是商业界，都丝毫没有掩饰对这一领域的热情。2016年，Cell杂志公布的年度十大最佳论文中，免疫疗法占两席。事实上，这两项成果只是去年癌症免疫疗法重要突破进展中的“冰山一角”。 刚刚过去的2016年，科学家们在Cell、Nature、S
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摘要：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#gdcquery:_searching_tcga_open-access_data 举例： Working wi
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摘要：转载：http://www.bio-info-trainee.com/1327.html 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据，拷贝数变异数据，突变数据，总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多，但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多，我挑了其中几个，解读了一下别人是如何利用这个数据的，当
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摘要：http://blog.sciencenet.cn/blog-204973-845856.html 第一节 免疫信息学源流 上个世纪中叶充满科学传奇。那不仅是个DNA双螺旋结构阐明、分子生物学产生与兴起的时代，也是系统论、控制论、信息论纷纷形成问世并引起全球广泛关注的时代，还是电子计算机走进人类社会
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摘要：自2015年1月20日美国总统奥巴马高调宣布启动“精准医疗计划（Precision Medicine Initiative）”以来，全球范围内掀起一股精准医疗热。在国内，精准医疗也风生水起，受到业内学者、药企代表、患者等相关人群的广泛关注。精准医疗本质上是一种更为精确的个性化医疗，非常适用于恶性肿瘤
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摘要：进入2017年，当红辣子鸡PD-1疗法，一路横扫多个适应症。而CAR-T治疗的“小车”在获得FDA专委会推荐后也已经走上高速路，成为免疫治疗又一里程碑事件。PD-1、CAR-T之后，下一个免疫治疗产品又将花落谁家？ 7月初，Nature同期发表2项临床试验结果，突然引爆个性化肿瘤疫苗热点，新技术是横
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摘要：http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html
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摘要：https://www.biostars.org/p/15890/ 71 5.9 years ago by Malachi Griffith ♦16k Washington University School of Medicine, St. Louis, USA Does anyone know
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摘要：https://github.com/oncokb
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摘要：OMICtools可谓是组学研究的航空母舰，其收集了基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等分析研究常用的4400余个工具和数据库。它允许用户submit自己的工具/数据库，每一个上传的工具/数据库都按照用途进行了分类，有相应的描述和链接，并且可以对这些工具/数据库作出评价，以利于他人借鉴和使用。
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摘要：1、使用firehose_get 下载level3 level4数据 https://confluence.broadinstitute.org/display/GDAC/Download example: firehose_get analyses latestRetrieves: every r
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