随笔分类 -  16s

16s workfollw
摘要：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/metagenomeFeatures/inst/doc/Example_16S_Annotation_Workflow.html 阅读全文
posted @ 2017-09-15 16:10 nkwy2012 阅读(253) 评论(0) 推荐(0) 编辑
简单粗暴，微生物生态研究中常用数据库简介--转载
摘要：微生物生态（MicrobialEcology），又名环境微生物（Environmental Microbiology），是研究微生物之间及其与环境之间相互关系的学科。从生物角度，其研究对象主要有真核微生物（Eukaryotes，如原生生物、真菌等）、原核微生物（Prokaryotes，细菌和古菌）和 阅读全文
posted @ 2017-02-14 10:17 nkwy2012 阅读(30402) 评论(0) 推荐(0) 编辑
sliva数据库简介--转载
摘要：sliva rRNA数据库（http://www.arb-silva.de/）用来检查和比对RNA序列，既可以针对16S/18S,SSU，也可以针对23S/28S, LSU，包括了Bacteria, Archaea and Eukarya。同时也是ARB的官方指定数据库。 LSU: Large su 阅读全文
posted @ 2017-02-14 10:16 nkwy2012 阅读(6941) 评论(0) 推荐(0) 编辑
LEfSe分析
摘要：LEfSe软件用于发现两组或两组以上的biomarker，主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。运行LEfSe软件主要分三大步骤：第一步：需要把普通的物种、基因等等的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结尾的文件第二步：这一步也是最关键的一步，统计 阅读全文
posted @ 2016-12-09 17:20 nkwy2012 阅读(6736) 评论(0) 推荐(0) 编辑
16s 高级分析
摘要：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/ 阅读全文
posted @ 2016-12-02 14:48 nkwy2012 阅读(317) 评论(0) 推荐(0) 编辑
16s及宏基因组测序公司资源--20161104
摘要：锐羿基因： http://www.realbio.cn/index.php?c=list&cs=keyandongtai& 科研动态更新及时 青岛过程能源所： http://www.computationalbioenergy.org/software.html 阅读全文
posted @ 2016-11-04 16:31 nkwy2012 阅读(352) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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