医学大数据分析 - 随笔分类 - nkwy2012

用GEOquery从GEO数据库下载数据--转载

摘要：https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础知识阅读全文

posted @ 2019-10-15 21:14 nkwy2012 阅读(3674) 评论(0) 推荐(0) 编辑

做数据挖掘，就算发 20 几分的 CNS 子刊，也是垃圾！？--转载

摘要：关于数据挖掘发表文章，我们知道很多人是看不上、瞧不起、嗤之以鼻的。大抵是因为这些人平时只发 CNS 主刊，所以才认为通过数据挖掘这种用「别人的数据」或者叫「干实验」来发文章是“「垃圾」，没有什么价值。真的是这样吗？今天我们要介绍的就是一篇做数据挖掘的 Cancer Cell 杂志的文章（IF: 2 阅读全文

posted @ 2019-03-09 08:34 nkwy2012 阅读(1584) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TGCA数据的标准化以及差异分析--转载

摘要：转载果子学生信 https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化，以及差异分析，得到了标准化后的数据，我们就可以按照以阅读全文

posted @ 2019-02-14 14:28 nkwy2012 阅读(9467) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA一些数据库

摘要：最出名，http://www.cbioportal.org/ 特色：最基本的简单分析基因突变、共表达/共突变的基因，下载数据也可以，最常看的应该还是oncoPrint那个。详细用法：TCGA数据库的数据怎么查？最方便，Ge-mini 特色：手机app，可随时查看，主要关注基因表达量的变化详细用阅读全文

posted @ 2019-01-11 15:24 nkwy2012 阅读(2604) 评论(0) 推荐(0) 编辑

计算基因组学工具解析肿瘤与免疫细胞的互作--转载

摘要：Hackl, H., Charoentong, P., Finotello, F., & Trajanoski, Z. (2016). Computational genomics tools for dissecting tumour-immune cell interactions. Natur 阅读全文

posted @ 2019-01-03 08:38 nkwy2012 阅读(1902) 评论(0) 推荐(0) 编辑

肿瘤数据库除了TCGA，还有TCIA--转载

摘要：TCIA就是基于TCGA数据开发的，不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。看网站首页的介绍就知道，这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种，点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种，侧边的栏目则提供一些个性化选择。 01 Patients list模块 TCI 阅读全文

posted @ 2019-01-03 08:15 nkwy2012 阅读(2576) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA样本命名详解

摘要：在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据： TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样阅读全文

posted @ 2018-12-13 10:30 nkwy2012 阅读(3853) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记--转载

摘要：https://www.jianshu.com/p/b7274afff14f?from=timeline #先加载包 library(ggpubr) #加载数据集ToothGrowth data("ToothGrowth") head(ToothGrowth) ## len supp dose ## 阅读全文

posted @ 2018-07-03 17:49 nkwy2012 阅读(4925) 评论(0) 推荐(0) 编辑

使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据--转载

摘要：转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源 - R包RTCGA的简单介绍 - 首先安装及加载包 - 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据 - 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot - 更多box 阅读全文

posted @ 2018-07-02 08:12 nkwy2012 阅读(11731) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言学习 - 非参数法生存分析--转载

摘要：生存分析指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断，研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法，也称生存率分析或存活率分析。常用于肿瘤等疾病的标志物筛选、疗效及预后的考核。简单地说，比较两组或多组人群随着时间的延续，存活个体的比例变化趋势。活着的个体越少的组危险性越阅读全文

posted @ 2018-06-28 15:54 nkwy2012 阅读(967) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA收官之作—27篇重磅文献绘制“泛癌图谱”

摘要：TCGA的关键数字：图片来源《细胞》由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划于2006年联合启动，目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据，2.5PB的数据量。全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作，于近期公布了TCGA研究的收官之作阅读全文

posted @ 2018-05-16 08:51 nkwy2012 阅读(12159) 评论(0) 推荐(1) 编辑

疾病风险数据库--snpedia

该文被密码保护。

posted @ 2018-03-22 13:19 nkwy2012 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA系列--fusion

摘要：http://www.tumorfusions.org/ 其他： COSMIC has a list of "curated fusion" http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion/overview?fid=74303&gid=55499 Look also 阅读全文

posted @ 2018-02-26 16:08 nkwy2012 阅读(328) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA系列基因突变数据库--MAGI

摘要：http://magi.brown.edu/ 阅读全文

posted @ 2018-02-24 10:50 nkwy2012 阅读(1096) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA系列--TCGA CNV全攻略--转载

该文被密码保护。

posted @ 2018-01-24 17:36 nkwy2012 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA系列--GDAC firehouse

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posted @ 2018-01-24 17:22 nkwy2012 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑

TCGA系列--LncMAP

摘要：LncMAP：http://www.bio-bigdata.com/LncMAP/index.jsp 阅读全文