摘要: 代码如下: 这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。 如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便 先定义的一个字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A', 'A': 'T'} 然后 for i i 阅读全文
posted @ 2017-01-11 12:42 Bio-Liu 阅读(4146) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 作为REGEX的例子,代码9.3显示了一个给定的文件有多少行,具有给定的模式,通过命令行输入(注:有更有效率的方式来实现这个功能,如Unix下的grep命令,在这里只是给出了另一种方式)。这个程序像下面这样执行: program_name.py file_name pattern 这里file_na 阅读全文
posted @ 2017-01-07 19:10 Bio-Liu 阅读(288) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一个模式可以通过编译(变成一个内部的表达)来提高检索的速度。这一步不是强制的,而是推荐对大量的文本进行使用。让我们看看findall的正则模式,而后用编译的模式(rgx): 正则模式如下: >>> re.findall(“[Hh]ello”,”Hello world, hello Python,!” 阅读全文
posted @ 2017-01-07 16:16 Bio-Liu 阅读(444) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: re模块提供方法如compile, search, findall, match和其他的方法。这些函数是使用REGEX语法建立了一个模式来处理文本的。 第一个方法:search. 一个基本的搜索工作原理是这样的: >>> import re >>> mo = re.search(“hello”,”H 阅读全文
posted @ 2017-01-07 13:50 Bio-Liu 阅读(235) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 问题:编写一个程序,提示用户输入其名字;用户作出响应后,将其名字写入到文件guest.txt中。 过程: name.py cmd窗口下运行:python name.py 机会首先打印出 阅读全文
posted @ 2016-12-08 16:30 Bio-Liu 阅读(688) 评论(6) 推荐(0) 编辑
摘要: 第一点:split 直接举例子,比较直观, >>> f = 'www.baidu.com.cn' >>> f.split()['www.baidu.com.cn'] #string.split()返回的是一个列表? >>> f.split('.')['www', 'baidu', 'com', 'c 阅读全文
posted @ 2016-12-01 21:49 Bio-Liu 阅读(4032) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 目的是将print的结果输出到一个文件中,比如这个文件在D:\lianxi\out.txt下,我用的windows: s = '1234' f = open (r'D:\lianxi\out.txt','w') print (s,file = f) 然后f.close() 网上也有说直接print( 阅读全文
posted @ 2016-12-01 18:28 Bio-Liu 阅读(28119) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本来是自学python,后来又了解到有biopython这个包,将想安装下来,结果折腾了我一上午。。。终于安装成了,哈哈哈,功夫不负有心啊 过程如下: 1、首先去http://biopython.org/wiki/Download现在一个biopython 因为我用的是win7,所以一开始我下载的是 阅读全文
posted @ 2016-11-29 14:40 Bio-Liu 阅读(12640) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、可以直接作用于for循环的数据类型 第一类:集合数据类型,如list、tuple、dict、set、str等; 第二类:generator,包括集合定义generator和带yield的generator(也就是generator function)。 以上这些可以直接作用于for循环的对象统称 阅读全文
posted @ 2016-11-26 21:44 Bio-Liu 阅读(2160) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本人对编程语言实在是一窍不通啊。。。今天看了廖雪峰老师的关于迭代,迭代器,生成器,递归等等,word天,这都什么跟什么啊。。。 1.关于迭代 如果给定一个list或tuple,我们可以通过for循环来遍历这个list或tuple,这种遍历我们称为迭代(Iteration)(Iteration的中文意 阅读全文
posted @ 2016-11-26 21:04 Bio-Liu 阅读(1126) 评论(0) 推荐(0) 编辑