2017年5月13日
fasta文件中DNA to RNA
摘要： 同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： >@r1TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCG 阅读全文
posted @ 2017-05-13 22:36 Bio-Liu 阅读(523) 评论(0) 推荐(0) 编辑
求fasta文件中序列的反向序列
摘要： 同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： >@r1TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCG 阅读全文
posted @ 2017-05-13 20:57 Bio-Liu 阅读(888) 评论(0) 推荐(0) 编辑
求fasta文件中互补序列
摘要： 一个名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： >@r1TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGC 阅读全文
posted @ 2017-05-13 19:26 Bio-Liu 阅读(326) 评论(0) 推荐(0) 编辑
ubuntu下安装rpm软件
摘要： 参考原文地址： 在Ubuntu中，软件是用deb格式的文件安装的，而一些适用于Linux的软件是其他格式的文件，例如是“.rpm”格式的，这些软件无法直接在ubuntu中安装，需要进行格式转换才行。下面举例说明格式转换的具体操作。 1、首先安装格式转换工具。在终端输入“sudo apt-get in 阅读全文
posted @ 2017-05-13 18:35 Bio-Liu 阅读(300) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2017年1月18日
Vim中配置搜索结果高亮
摘要： 参考了：http://blog.csdn.net/hzhsan/article/details/44228241 在terminal中打开vim ~/.vimrc 然后添加 ： set hlsearch #设置高亮显示搜索结果 nnoremap <silent> \h :nohlsearch<CR> 阅读全文
posted @ 2017-01-18 23:09 Bio-Liu 阅读(990) 评论(0) 推荐(0) 编辑
VIM的配置：高亮光标所在的行列
摘要： 本文转自：http://www.jianshu.com/p/b8763c23ea64 基本设置 设置高亮行和列有两种方式进行设置 我建议使用第一种方式，这样可以看到配置就能知道是干什么用的了，同时再加上注释，因为随着配置越来越多，最后自己可能都忘了这些配置是用来干嘛的了。 美化 我们现在已经能快速的 阅读全文
posted @ 2017-01-18 22:51 Bio-Liu 阅读(17574) 评论(1) 推荐(1) 编辑
2017年1月12日
The Hamming distance in python
摘要： 需要用到一个zip函数。首先看一下zip函数可以用来干什么： 再看： 运行的结果是： [(1, 4), (2, 5), (3, 6)] 再看： 运行的结果是： [(1, 4, 7), (2, 5, 8), (3, 6, 9)] zip函数接受一系列可迭代对象作为参数，将对象中对应的元素打包成一个个t 阅读全文
posted @ 2017-01-12 00:36 Bio-Liu 阅读(1212) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2017年1月11日
求GC含量
摘要： 代码如下： 阅读全文
posted @ 2017-01-11 23:45 Bio-Liu 阅读(523) 评论(1) 推荐(0) 编辑
求DNA序列中各个碱基的含量
摘要： 方法很简单，用count就可以了， 阅读全文
posted @ 2017-01-11 12:51 Bio-Liu 阅读(693) 评论(0) 推荐(0) 编辑
利用python将一段DNA转录成RNA
摘要： 结题思路就是将DNA序列中的T换成U就可以啦，直接import re，然后用sub就行啦 或者在交互式界面中，import re，然后re.sub('T','U',seq)，更方便些，但前提是序列要短，序列长的话内存吃不消啊 阅读全文
posted @ 2017-01-11 12:48 Bio-Liu 阅读(2020) 评论(0) 推荐(0) 编辑