fasta文件中序列的排序

同样的名为read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如:

>@r1
TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG
>@r2
NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATCTGACTTATGTCATTACCTATGAAATGTGAGGACGCTATGCCTGTACCAAATCCTACAATGCCGGTGAAAGGTGCCGGGATCACCCTGTGGGTTTAT
>@r3
ATCGCCCGCAGACACCTTCACGCTGGACTGTTTCGGCTTTTACAGCGTCGCTTCATAATCCTTTTTCGCCGCCGCCATCAGCGTGTTGTAATCCGCCTGCAGGATTTTCCCGTCTTTCNGTGCCTTGNT
..........等等

 

直接看代码:

 1 #encoding = utf-8
 2 
 3 """
 4 简介:fasta文件中按id或者seqence长度排序
 5 作者:刘自军
 6 data:2017年5月17 21:38
 7 """
 8 
 9 import sys 
10 
11 args = sys.argv
12 
13 fasta = {}
14 with open(args[1]) as f:
15 
16     for line in f:
17         line = line.strip()
18         if line.startswith('>'):
19             ID = line
20             fasta[ID] = ''
21         else:
22             fasta[ID] += line
23 
24     if args[2] == 'id':
25         fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:i[0])  #按id排序
       #python3中废除类iteritems(),但用items()可以实现同样的效果
26 elif args[2] == 'len': 27 fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:len(i[1])) #按每个序列的长度排序 28 else: 29 fasta = fasta.items() 30 31 for k,v in fasta: 32 print ('%s\n%s' %(k,v))

 

posted @ 2017-05-17 22:03  Bio-Liu  阅读(2880)  评论(0编辑  收藏  举报