摘要:
1. 测序的应用 1.1 基因组组装 当我们进行二代测序时,常常就是将待测序列打碎,然后拼接,我们回顾一些基础知识: reads:就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间,二代的相对较短,平均是几十到几百bp。 contig:中文叫做重叠群,就是不同reads之 阅读全文
摘要:
1. 问题 1.1 多序列比对 一开始很难理解为什么3条序列的时间复杂度就是\(O(L^3)\)(\(L\)为序列长度).这里看下面这张图就明白必须要3条链一起对比,而不是两两对比就知道全部信息.主要是要找到全部序列的相似特点. 多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异,但其主要用于描述一组序列之间 阅读全文