4. Conda

1. 类别以及安装

  Conda分为mini-conda和anaconda两种,第一个可以理解为纯净版,第二个附带了很多科学计算的包.
  我们可以选择其中一个版本安装,使用wget + 网址即可.随后使用下文指令启动.

bash Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh

  搜个教程一步步安装即可.

2. 配置文件

  显然,我们需要配置下载源,不然下半天都下不了一个包.我们需要vim一个\(.condarc\)的文件,然后加入以下内容,也就是优先以下面4个渠道下载包:

channels:
 - bioconda
 - conda-forge
 - r
 - defaults

3. conda使用方法

(1) 安装fastp

conda install fastp(=版本=编译版本)

  conda安装软件分为两步:

1. Collecting package metadata:这相当于在channels中搜寻安装软件的说明文件(metadata)
2. Solving environment:因为conda已经安装了一些包,我们要查看安装的包与已经安装包是否有冲突.
     可以通过which package找到安装路径
   

(2) 搜索是否存在包

conda search package

  第一列是package名,第二列是版本,第三列是编译版本,第四列是channel来源.

(3) 更新与删除

conda update package
conda removie package

(4) 查看所有包

conda list

(5) 环境

• 创建环境
    有时我们可能需要package A 2.0版本和package A 3.0版本,但是我们不能装两个版本,因此只能创建环境将他们隔离开.

conda create -n py3.8 

  如果我们安装conda时没有初始化,就会报错CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.这是因为默认的conda是不支持环境的.使用下面的指令初始化环境.

conda init bash

  当我们初始化成功后,默认进入的是base环境

• 退出环境

conda deactivate

• 环境列表

conda env list 

(6) 加速
  当conda环境安装很多包后,速度会变得很慢,可以考虑安装mamba来加速.本人安装一直遇到下面的问题:

  按Github上又神奇地好了Click.