ubantu安装proteinmnpp和alphafold2 --一些记录

本次操作参照github中大佬的的项目：https://github.com/nrbennet/dl_binder_design/tree/main

一、克隆本项目到本地
git clone https://github.com/nrbennet/dl_binder_design.git

1. 里面提到一个很重要的工具--pyrosetta。根据pyrosetta官网（https://www.pyrosetta.org/downloads#h.iwt5ktel05jc） 的提示，现在安装pyrosetta已经不再需要申请username和password，（非商业版，只需遵循非商业版的license就好了，见：https://github.com/RosettaCommons/rosetta/blob/main/LICENSE.PyRosetta.md）

二、安装ProteinMPNN

1. cd dl_binder_design/include

2. Run conda env create -f proteinmpnn_fastrelax.yml

3. 激活环境：conda activate proteinmpnn_binder_design

4. 进行测试：python importtests/proteinmpnn_importtest.py
   4.1 此时第一次报错：ImportError: /home/ken/miniconda3/envs/proteinmpnn_binder_design/lib/python3.11/site-packages/torch/lib/libtorch_cpu.so: undefined symbol: iJIT_NotifyEvent
   原因：torch不匹配。，目前版本2.0.1，
   解决方法：先pip uninstall torch,在执行pip install torch==2.0.1+cpu -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html

测试通过：显示This environment passes all import tests

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三、安装AlphaFold2

1. 创建一个新的虚拟环境：conda env create -f af2_binder_design.yml

2. 激活环境：conda activate af2_binder_design
   注 此时我的安装实际上出了问题，见创建环境时的报错：CondaEnvException: Pip failed，后面发现yml文件中国pip里的安装都没有成功，于是挨个安装，用的这个命令conda install XXX ----solver=classic

3. 想着先跳了这步，继续部署proteinmnpp，结果后面虚拟机内存满了，GG。