06 2023 档案
git概念
摘要:背景 入行快两年了,从来不用git。开发没几个人,也不联系。导致我始终理解不了git有什么作用。 突然有一天,我对代码改了一点,数据发生了错误,我想回退到刚才的样子,发现回不去了。 这时候,知道git的作用了。 后来我想共享代码 git是什么 Git 是一个分布式版本控制系统,用于跟踪文件和代码的变
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基本命令
摘要:参考文档:https://www.rookiew.com/server/2743.html Git配置(git config): 修改个人信息: git config --global user.name "Your Name":设置全局用户名 git config --global user.em
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git安装和使用
摘要:官网下载 检查安装:左面右击 配置用户信息 这些信息将出现在提交记录里 git config --global user.name "Your Name"git config --global user.email "your.email@example.com" 配置密钥(和github)来连接的
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nginx的作用
摘要:Nginx(发音为“engine-x”)是一个高性能的开源Web服务器和反向代理服务器。它被广泛用于构建和部署现代化的Web应用程序。 Web服务器 静态文件服务:Nginx 可以高效地提供静态文件服务,如 HTML、CSS、JavaScript、图像等。它能够直接从磁盘中读取静态文件并发送给客户端
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linux安装nginx
摘要:1. 安装 sudo apt-get install nginx 2. 检测 nginx -v 3. 位置 Ubuntu 或 Debian:/etc/nginx/nginx.conf
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mysql在命令行中,中文乱码
摘要:mysql -u your_username -p --default-character-set=utf8 your_database 连接数据库的时候就定义编码
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将一个表中的数据复制一下,
摘要:INSERT INTO my_table SELECT * FROM my_table; 这就可以了,几百万条 ,嘎嘎就创建好了 INSERT INTO my_table SELECT * FROM my_table LIMIT 100;
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mysql常用命令
摘要:连接到 MySQL 服务器: mysql -u username -p 显示数据库列表: SHOW DATABASES; 创建数据库: CREATE DATABASE database_name; 删除数据库 USE database_name; DROP DATABASE database_nam
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画qq图和曼哈顿图
摘要:https://www.youtube.com/watch?v=BKpZpA8WfcQ&list=PLaZuFfQk5gXPuXNA00R_uEfD422lmkSnr&index=6 用的GEWAS中example中的数据 一、 qqman install.packages("qqman") lib
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GEMMA安装和使用
摘要:ttps://www.jianshu.com/p/d31404620c9b https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases Gemma是一个用于基因组关联分析(GWAS)的统计软件。Gemma(Genome-wide Efficient M
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QQplot
摘要:在GWAS(基因组关联研究)中,QQ plot(Quantile-Quantile plot,分位数-分位数图)是一种常用的统计图形,用于评估GWAS结果中的关联统计量是否偏离了预期的分布。 x轴:预期的P值分布的分位数。通常是以负对数刻度表示(-log10(P))。在QQ图上,x轴的数值范围从较小
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cmplot
摘要:cmplot是R语言中一个常用的生物信息学工具包(Bioconductor包),用于绘制基因共表达网络(co-expression network)中的模块(module)的图形展示。cmplot提供了一种简便的方式来可视化基因模块在不同条件或组之间的表达模式,帮助研究人员理解基因调控网络中的模式和
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PLINK文件格式
摘要:PLINK文件格式是Plink软件使用的一种常见的文件格式,用于存储基因型数据和相关信息。PLINK文件格式包括两个主要文件:PED文件和MAP文件。 PED文件(.ped):PED文件是以纯文本形式存储的基因型数据文件,每一行表示一个个体的基因型信息。PED文件的每一列对应于一个基因座(SNP),
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GWA in PLINK
摘要:https://www.youtube.com/watch?v=7QMSZx3io-Q
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SNP
摘要:核苷酸: 核苷酸是构成核酸(DNA和RNA)的基本组成单位。它是由三个组成部分组成:一个含氮碱基、一个五碳糖(核糖或脱氧核糖)和一个磷酸基团。 在DNA中,四种碱基包括腺嘌呤(adenine,简称A)、鸟嘌呤(guanine,简称G)、胸腺嘧啶(thymine,简称T)和胞嘧啶(cytosine,简
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GWAS数据库
摘要:NHGRI-EBI GWAS数据库: https://www.ebi.ac.uk/gwas/ 描述:由美国国家人类基因组研究所(NHGRI)和欧洲生物信息研究所(EBI)合作建立的GWAS数据库,提供了公开可访问的GWAS关联结果和相关信息。 GRASP: http://grasp.nhlbi.ni
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曼哈顿图
摘要:纽约曼哈顿: 曼哈顿图: 曼哈顿图(Manhattan plot)是一种常用于基因组关联分析(GWAS)结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。 曼哈顿图以染色体上的位置为横轴,统计显著性(通常是负对数P值或-log10(P值))为纵轴。每个SNP(单核苷酸多态性)或基因位点在曼哈
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GLM/MLM/CMLM
摘要:GLM(Generalized Linear Model)、MLM(Mixed Linear Model)和CMLM(Compressed Mixed Linear Model)都是统计模型,常用于基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)中。 GLM(G
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tassel是什么
摘要:TASSEL(Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage)是一个用于遗传数据分析的开源软件套件。 TASSEL提供了一系列工具和算法,用于进行关联分析、群体结构分析、基因型-表型关联分析等。 TASSEL最初是由康奈尔大学开发的,旨在支持
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plink用法
摘要:https://www.cog-genomics.org/plink/ ./plink --file toy --freq --out toy_analysis ./plink --file 输入的文件名 相应的处理 --out 输出的文件名
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plink这是啥
摘要:Plink(整体用大写字母 PLINK 表示)是一种用于进行遗传数据分析的开源软件。 它是一个功能强大且广泛使用的工具,主要用于关联分析、基因型质量控制、遗传多样性分析、遗传模型拟合等。 Plink 最初是作为一个基因关联研究工具开发的,可以帮助研究人员在基因组数据中寻找与特定性状或疾病相关的基因变
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TWAS这是啥
摘要:TWAS(Transcriptome-Wide Association Study)全转录组关联分析 思想: 用于探索基因表达与复杂性状(如疾病风险)之间的关联。传统的GWAS(Genome-Wide Association Study)方法主要关注基因组中的遗传变异与疾病之间的关系,而TWAS则着
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wgcna这是啥
摘要:WGCNA(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis)加权基因共表达网络分析 Gene:基因 Genome:基因组 思想: 将基因表达数据转化为基因共表达网络,其中每个基因是网络中的一个节点,而基因之间的共表达关系则用边连接。 WGCNA根据基因之间的
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这是啥
摘要:GWAS(Genome-Wide Association Study) 全基因组关联分析 https://www.cnblogs.com/leezx/p/9013615.html https://www.youtube.com/watch?v=LGevar2v_3c 作用: 虽然大多数的SNP是中性
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数据结构-枚举
摘要:在Java中,枚举(Enumeration)是一种特殊的数据类型,用于定义一组具名的常量。枚举常量是一组预定义的值,它们在枚举类型中被列出,每个常量都有一个名称和一个关联的值。 枚举类型在Java中是通过关键字enum来定义的。定义枚举类型后,可以使用枚举常量来表示具体的取值。 enum Seaso
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基础语法-异常
摘要:try-catch语句块:使用try-catch语句块可以捕获和处理异常。在try块中放置可能会抛出异常的代码,然后通过catch块捕获并处理异常。catch块中指定要处理的异常类型,并提供相应的处理逻辑。 try { // 可能会抛出异常的代码 } catch (ExceptionType1 e1
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数据结构
摘要:Java提供了许多常见的数据结构,包括但不限于以下几种: 数组(Array):用于存储固定大小的元素序列。 动态数据(ArrayList) 链表(Linked List):通过节点之间的链接关系来存储元素的线性数据结构。 栈(Stack):遵循后进先出(LIFO)原则的数据结构,可以用于存储和检索元
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基础语法-类的注意事项
摘要:在一个类中,都要写什么,main public ,多个类怎么办 在Java中,一个源代码文件可以包含多个类,但只能有一个公共类(public class)。公共类的名称必须与文件名相同,并且只能有一个公共类。 所以这样写是错误的 在一个java文件中,写多个类
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面向对象-继承
摘要:面向对象的继承是一种机制,它允许一个类(称为子类或派生类)继承另一个类(称为父类或基类)的属性和方法。继承可以使代码重用、提高代码的可扩展性和灵活性。 通过继承,子类可以继承父类的非私有属性和方法,并且可以在子类中添加自己特定的属性和方法。子类可以继承父类的行为,也可以重新定义或扩展父类的行为 //
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面向对象-封装
摘要:面向对象的封装是一种面向对象编程的核心概念,它指的是将数据和对数据的操作封装在一个类中,通过类的访问权限控制,隐藏内部实现细节,提供公共接口供其他对象访问。 封装的目的是实现数据的安全性和灵活性。 通过将数据和操作数据的方法封装在一起,可以隐藏实现细节,防止外部直接访问和修改对象的内部状态,确保数据
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基础语法-数组
摘要:Java 中的数组是用于存储相同类型的多个元素的数据结构 特点: 固定长度:在创建数组时,必须指定数组的长度,且长度在数组创建后不可改变。数组的长度是其在内存中分配的空间大小,因此数组的长度是固定的。 连续内存空间:数组中的元素在内存中是连续存储的,每个元素占用相同大小的内存空间。这使得访问数组中的
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基础语法-main方法
摘要:main 方法是 Java 程序的入口点,也是程序执行的起始位置。当你运行一个 Java 程序时,JVM(Java 虚拟机)会自动查找并执行包含 main 方法的类。 在 main 方法中,你可以编写程序的逻辑代码,包括调用其他方法、处理输入输出、控制流程等。它允许你指定程序的初始行为,并定义程序执
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基础语法-方法
摘要:在Java中,方法用于封装可重用的代码块,它可以执行特定的操作并返回结果。方法通常用于将任务划分为更小的模块,以提高代码的可读性、可维护性和重用性。 可以理解为python中的函数 方法的声明: 最简单的 public void sayHello() { System.out.println("He
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基础语法-循环
摘要:for 循环:用于重复执行一段代码,可以指定循环的初始值、循环条件和每次迭代后的操作。 while 循环:在循环开始之前先判断循环条件,只有当条件为真时才执行循环体内的代码。 do-while 循环:先执行一次循环体内的代码,然后再判断循环条件,只有当条件为真时才继续执行循环。
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基础语法-条件
摘要:if 只写一个判断也是可以的 swich switch 是 Java 中的一种条件语句,用于根据表达式的值选择不同的执行路径。它可以用来代替一系列的 if-else 语句,使代码更简洁和易读。 switch (expression) { case value1: // 当 expression 的值
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基础语法-修饰符
摘要:Java修饰符是用于修饰类、变量、方法和构造函数等成员的关键字,用于控制其访问权限、作用范围和行为特征。Java中常见的修饰符包括以下几种: 访问修饰符: public:公共访问修饰符,表示可以被任何类访问。 private:私有访问修饰符,表示只能在所属类内部访问【】。不同类之间不能访问。 pro
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基础语法-运算符
摘要:Java中有多种运算符,可以分为以下几类: 算术运算符:用于执行基本的数学运算,如加法、减法、乘法、除法、取模等。常见的算术运算符有 +、-、*、/、%、++。 赋值运算符:用于将值赋给变量。常见的赋值运算符有 =、+=、-=、*=、/= 等。 关系运算符:用于比较两个值的关系,返回布尔类型的结果(
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基础语法-数据类型
摘要:整数类型: byte: 8位有符号整数,取值范围为 -128 到 127。 short: 16位有符号整数,取值范围为 -32,768 到 32,767。 int: 32位有符号整数,取值范围为 -2,147,483,648 到 2,147,483,647。 long: 64位有符号整数,取值范围为
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基础语法-变量
摘要:局部变量(Local Variables):在方法、构造函数或代码块中定义的变量。局部变量只在定义它们的方法、构造函数或代码块中可见,并且在方法、构造函数或代码块执行完毕后销毁。 该变量只在该方法内部可见。这意味着其他方法无法访问该变量 实例变量(Instance Variables):在类中定义的
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创建项目-空项目、java项目、web项目
摘要:空项目(Empty Project): 空项目是一个完全空白的项目,没有任何默认的目录结构或配置文件。你可以根据需要自定义项目的结构和配置,适用于从头开始构建自己的项目。 Java 项目(Java Project): Java 项目是一个标准的 Java 应用程序项目,具有默认的目录结构和配置。它包
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springboot优点
摘要:传统的Spring应用部署时,通常会将应用打成 WAR包形式并部署到Tomcat、Jetty或Undertow 服务器中。 Spring Boot框架内嵌了Tomcat、Jetty和Undertow 服务器,于是可以将应用打包成jar,直接运行一个jar包就能启动一个web服务 是怎么内嵌的tomc
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浓盐法提取DNA
摘要:原理 核酸和蛋白质在生物体中常以核蛋白(DNP/RNP)的形式存在 DNP 能溶于水及高浓度盐溶液,但在 0.14 M 的盐液中解度很低, RNP 则可溶于低盐溶液,因此可利用不同浓度的 NaCl溶液将其从样品中分别抽提出来DNA 和蛋白质,用将抽提得到的 DNP 用 SDS 处理可将其分离DNA
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面向对象-对象和类
摘要:类:是对具有相似属性和行为的对象进行抽象的模板或蓝图。它定义了对象的属性(成员变量)和行为(方法) 对象:是类的一个具体实例。它是类的实体,具有特定的属性和行为。对象通过使用关键字 new 来创建。每个对象都有自己的状态(属性值)和行为(方法),并可以独立地执行操作 案例: package org.
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注解是干什么的
摘要:Java注解是一种用于给代码添加额外信息的机制。它以@符号开头,可以应用于类、方法、字段等程序元素。 基础的五个 @author:用于标识代码的作者或贡献者。通常在类、接口或方法的注释中使用。 @version:用于标识代码的版本信息。通常在类、接口或方法的注释中使用。 @param:用于标识方法的
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高通量测序是啥
摘要:什么是一代测序 一代测序的工作原理如下: 制备测序模板: 首先,需要制备一份包含待测DNA或RNA分子的模板,通常通过复制(扩增)这些分子以获得足够多的材料。 链终止测序: 一代测序使用的主要技术是Sanger测序方法,该方法利用了DNA聚合酶合成DNA链的特性。在反应中,将DNA合成反应分为四个不
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PCR是什么
摘要:PCR代表聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction)。PCR是一种在实验室中扩增DNA片段的技术,它能够在短时间内从极少量的DNA样本中产生大量的DNA复制品。 PCR的基本原理是通过不断重复一系列的温度变化步骤来扩增目标DNA序列。这些温度变化步骤包括: 变性(Denatu
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RNA组成
摘要:RNA(核糖核酸)是一种生物分子,类似于DNA,也是由核苷酸组成的。 RNA分子由三个部分组成:一个磷酸基团、一个五碳糖(核糖)以及一个氮碱基。 与DNA不同的是,RNA中的糖是核糖(ribose),而不是DNA中的脱氧核糖(deoxyribose)。 此外,RNA中的氮碱基有腺嘌呤(adenine
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DNA组成
摘要:DNA(脱氧核糖核酸)是一种生物分子,它存储了生物体的遗传信息。 DNA分子由核苷酸组成,每个核苷酸由三个部分组成:一个磷酸基团、一个五碳糖(脱氧核糖)、以及一个氮碱基。 DNA中存在四种不同的氮碱基:腺嘌呤(adenine,简称A)、鸟嘌呤(guanine,简称G)、胸腺嘧啶(thymine,简称
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蛋白质是如何生成的
摘要:蛋白质的生成过程称为蛋白质合成或蛋白质生物合成,它发生在细胞内的核糖体中。蛋白质合成包括两个主要的步骤:转录和翻译。 转录(Transcription): 转录是指将DNA中的基因信息转录成RNA的过程。在细胞核中,DNA的两条链解开,其中一条链作为模板,由RNA聚合酶酶依据碱基配对原则合成与DNA
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蛋白质概念
摘要:蛋白质是由氨基酸组成的。氨基酸是一类有机分子,它们包含一个氨基基团(NH2)、一个羧基基团(COOH)、一个氢原子以及一个侧链(R基团)。在蛋白质中,多个氨基酸通过肽键连接在一起形成多肽链,进而折叠成特定的三维结构。 有20种常见的氨基酸参与蛋白质的合成。这些氨基酸在结构上有所不同,主要是由于它们的
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什么随机森林
摘要:随机森林通过对训练数据随机抽样生成多个决策树,每个决策树都是根据随机选择的特征子集进行构建。在决策树的构建过程中,随机森林采用了自助采样(Bootstrap Sampling)和特征随机选择(Feature Randomness)的策略,使得每个决策树都具有一定的差异性。 在进行预测时,随机森林通过
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什么决策树
摘要:决策树是一种基于树形结构的机器学习算法,用于解决分类和回归问题。它通过构建一棵树来对输入数据进行判断和预测。 决策树的构建过程是从根节点开始,根据特征的取值将数据集划分为不同的子集,然后再对每个子集递归地进行划分,直到满足停止条件。在构建过程中,决策树通过选择最优的特征和划分方式来使得每个子集的纯度
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什么是引物
摘要:什么是引物 引物(Primer)是一段短的DNA或RNA序列 引物的作用 目标序列扩增:引物用于PCR或RT-PCR反应中,与目标序列的特定区域互补结合。引物的设计使得聚合酶能够在引物的两侧开始合成新的DNA链或互补的RNA链,从而将目标序列扩增出来。 特异性扩增:引物的设计应确保其与目标序列的特定
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post和get
摘要:都是前端向后端发送请求,后端在处理接收到的数据 OST和GET是HTTP协议中最常见的两种请求方法,它们有以下区别: 数据传输方式: GET:通过URL的查询字符串传递参数,参数会暴露在URL中,例如:http://example.com/path?param1=value1¶m2=valu
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redis的增删改查
摘要:增加(添加)操作: 设置单个键值对:SET key value 设置多个键值对:MSET key1 value1 key2 value2 ... 添加元素到列表的尾部:RPUSH key element 添加元素到集合:SADD key member 删除操作: 删除单个键:DEL key 删除多个
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循环和判断
摘要:while循环 # 使用while循环计算数字的平方直到平方大于100 x <- 1 while (x^2 <= 100) { print(x^2) x <- x + 1 } for循环 # 使用for循环打印数字1到5 for (i in 1:5) { print(i) } if判断 num <-
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基本函数
摘要:数学函数 # 绝对值 abs(-5)# 结果: 5 # 向上取整 ceiling(3.2)# 结果: 4 # 向下取整 floor(3.7)# 结果: 3 # 四舍五入 round(3.7)# 结果: 4 # 平方根 sqrt(16)# 结果: 4 # 对数 log(10)# 结果: 2.30258
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基本运算
摘要:算数运算 # 加法 result1 <- 10 + 3 # 结果: 13 # 减法 result2 <- 10 - 3 # 结果: 7 # 乘法 result3 <- 10 * 3 # 结果: 30 # 除法 result4 <- 10 / 3 # 结果: 3.333333 # 取余 result5
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R数据结构-数据框
摘要:数据框(data.frame)是R语言中常用的数据结构之一,它可以存储不同类型的数据,并以表格形式展示 创建数据框 # 创建一个示例数据框 my_df <- data.frame( col1 = c(1, 2, 3), col2 = c("A", "B", "C"), col3 = c(TRUE,
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R数据结构-列表
摘要:列表(List)是一种数据结构,它可以包含不同类型的对象,包括向量、矩阵、数据框、函数等。列表允许您将多个对象组合到一个结构中,以便以统一的方式进行处理和访问 # 创建一个包含向量、矩阵和数据框的列表 vec <- c(1, 2, 3) mat <- matrix(1:9, nrow = 3) df
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maven创建web项目(springboot)
摘要:创建一个 Java 项目和创建一个 Web 项目在 IntelliJ IDEA 中有一些区别。 创建 Java 项目: 选择 "Java" 选项,并选择适当的 JDK 版本。 创建的是一个普通的 Java 项目,用于编写 Java 类、库和应用程序。 没有默认的 Web 相关依赖和配置。 创建 We
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idea 配置maven
摘要:默认 修改 我也不知道为什么配置了,下次创建新的还是不生效,那就每次都修改吧
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maven打包失败
摘要:说我测试案例有问题,那就跳过测试>mvn package -Dmaven.test.skip=true 这个错误提示表明在执行 Maven 构建过程中,执行了一个名为 "create-build-target-link" 的插件,但该插件无法执行命令 "ln"。根据错误信息中的 "系统找不到指定的文
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maven命令
摘要:mvn clean:清理项目,删除生成的目标文件。 mvn compile:编译项目源代码。 mvn test:运行项目的单元测试。 mvn package:打包项目,生成可部署的构件,如JAR、WAR等。 跳过测试:mvn package -Dmaven.test.skip=true mvn in
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idea:maven项目的创建,启动,编译
摘要:创建 运行 就是自动编译,生成target目录
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终端:maven项目的创建,启动,编译
摘要:1. 3. 编译: 进入项目中,cmd打开, mvn compile 结果: 生成target目录
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什么是maven
摘要:Maven是一个开源的项目管理和构建工具,用于自动化构建、依赖管理和项目管理。它提供了一个一致的项目结构和一组默认的构建生命周期,以简化项目的构建过程。 以下是Maven的一些主要功能和用途: 依赖管理:Maven可以自动下载和管理项目所需的依赖库。你只需要在项目的配置文件(pom.xml)中声明依
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源码、二进制可执行文件、jar包
摘要:源码(Source code):源码是开发人员编写的人类可读的程序代码,它以文本文件的形式存在,并使用特定的编程语言编写。源码包含了程序的逻辑、算法和操作步骤,以及相关的注释和文档说明。源码通常存储在版本控制系统中,并且用于开发、调试和维护软件。 二进制文件(Binary file):二进制文件是计
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源码和二进制文件
摘要:源码(Source code)是开发人员编写的人类可读的程序代码。它通常以文本文件的形式存在,使用特定的编程语言编写。源码包含了程序的逻辑、算法和操作步骤,以及相关的注释和文档说明。 二进制文件(Binary file)是计算机能够直接执行的机器码形式的文件。它是由源代码经过编译或汇编生成的,以供计
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怎么编译源码,得到可执行二进制文件
摘要:源码(Source code)是开发人员编写的人类可读的程序代码。它通常以文本文件的形式存在,使用特定的编程语言编写。源码包含了程序的逻辑、算法和操作步骤,以及相关的注释和文档说明。 二进制文件(Binary file)是计算机能够直接执行的机器码形式的文件。它是由源代码经过编译或汇编生成的,以供计
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flink安装(无hadoop)
摘要:下载Flink:访问Flink的官方网站(https://flink.apache.org/),在下载页面找到适合你操作系统的预编译二进制包。选择与你的操作系统和版本相对应的下载链接,点击下载。 解压二进制包:下载完成后,将二进制包解压到你想要安装Flink的目录中。你可以使用命令行工具(如tar命
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什么是flink
摘要:https://flink.apache.org/zh/ Flink(Apache Flink)是一个开源的流处理和批处理框架,旨在处理大规模的数据流和批处理任务。它提供了高效、可扩展和容错的数据处理能力,适用于各种数据处理场景。 以下是Flink的一些关键概念: 流(Stream):Flink以数
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